Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~SeVeR/t3_files/otchot3.doc Дата изменения: Thu Nov 17 19:50:00 2005 Дата индексирования: Tue Oct 2 09:33:01 2012 Кодировка: koi8-r

Поиск гомологов белка ACRB Ecoli в геномах родственных бактерий.

Занятие 7. задание2:
Требуется найти с помощью TBLASTN лучшего гомолога белка ACRB Ecoli в
геноме Pasteurella multocida.
Предварительно были созданы индексные файлы по геному Pseudomonas
aeruginosa.

Ближайший гомолог:
ID: AE006154
AC: AE006154; e-value: e -130.
Координаты выравнивания:
ACRB_ECOLI: 3-997
AE006154 :

В записи CDS не аннотирован.

Программа BLAST другие гомологи с E-value < 0,01 не предлагает.
Задание 3:
При поиске гомологов по трём геномам (Pasteurella multocida, Pseudomonas
aeruginosa, Vibrio cholerae) Е-value предыдущей находки (ID: AE006154) не
изменился, т.е. остался е-130. Также были найдены ещё 14 гомологов с E-
value < 0,01.

Задание 4:
В этом задании поиск проводился с помощью программы BLASTN, а в качестве
входного файла использовалась не аминокислотная последовательность белка
ACRB Ecoli, а последовательность нуклеотидов гена Acrb (Ecoli), взятая из
документа ECACRAB банка EMBL. Результат - найдено более 50 гомологов, и
лишь у 7ми из них E-value < 0,01.

Занятие 8.
Задание 1:
Требуется с помощью программы fasta34 найти гомологов в том геноме, в
котором по результату поиска TBlastN найден лучший гомолог.
В данном случае это Pseudomonas aeruginosa.
Был найден другой гомолог, нежели при поиске программой TBLASTN.
Его e-value - 4.1e-11 .
embl|AE004628|AE004628

Задание 2.
Была создана последовательность из 100-120 нуклеотидов одного из геномов.
Потом в ней было заменено несколько нуклеотидов, так чтобы программа
MEGABLAST не смогла найти эту последовательность в геномах.
Исходная последовательность:

cagtaaaagtgcggtgaattttaacttgttcttcgacttttcttgtaaattcataagaaata
ttcgagccatcaatatgggcgactaaggtaatataaatagtttcaaagaaatggctat

Измененная последовательность:

cagtaaaagtgcggtgaattttaacttattcttcgacttttcttgtaaattcatgagaaat
attcgagacatcaatatgggcgactaaagtaatataaatagtttcaaaggaatggctat

Megablast не нашел измененную последовательность в банке.

Задание 3.
Требуется найти гомологов глициновых тРНК E.coli в трех данных геномах.

При различных вариациях указанных параметров, были получены следующие
результаты:

|W |N |T |Число гомологов |
|11 |0 |16 |57 |
| | |18 |43 |
| | |21 |29 |
| |1 |16 |61 |
| | |18 |49 |
| | |21 |24 |
| |2 |16 |88 |
| | |18 |58 |
| | |21 |33 |
|12 |0 |16 |52 |
| | |18 |32 |
| | |21 |26 |
| |1 |16 |54 |
| | |18 |44 |
| | |21 |21 |
| |2 |16 |77 |
| | |18 |54 |
| | |21 |30 |