Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Tanya/Term4/ontologies_GO.html
Дата изменения: Wed Apr 26 16:39:54 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 12:43:22 2012
Кодировка: Windows-1251
На главную страницу четвертого семестра ontologies_GO

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Общее знакомство со структурой GO (Gene Ontology)

Задание: выбрать одно из ключевых слов в документе UniProt, соответствующее белку TRUB_ECOI. На главном сайте консорциума GO провести поиск выбранного термина среди терминов GO.

Результаты задания:
1. Термин: tRNA processing (процессинг тРНК)
2. Идентификатор GO:0008033
3. Количество синонимов: нет
4. Определение термина: процесс, с помощью которого молекула пре-тРНК превращается в зрелую тРНК, готовую для присоединения аминоацильной группы.
5. Количество родителей: 2 (процессинг РНК и метаболизм тРНК, 2 связи is_a)
6. Количество дочерних терминов: нет дочерних терминов
7. Граф.
"Процессинг тРНК" связан с двумя родительскими терминами связью is_a, означающей, что процессинг тРНК является частным случаем процессинга РНК и метаболизма тРНК. В моем графе отсутствуют связи is_part_of. Отношение "A is part of B" означает, что А — часть В, но В необязательно содержит А.

Исследование качества аннотации функции цитоплазматических белков Arabidopsis thaliana

Таблица ?1. Протеом Arabidopsis thaliana. Результаты поиска в UniProt, 10.04.2006 г.
  Количество белков Запрос
Всего 46161 "(([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) "
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 6111 "(((([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & ([uniprot-DbName:GO*] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:C:*]) > parent )) "
В том числе в цитоплазме 242 "(((([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & ([uniprot-DbName:GO*] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:C:cytoplasm*]) > parent )) "
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции 3 "((((([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & ([uniprot-DbName:GO*] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:C:cytoplasm*]) > parent )) & ((([uniprot-DBxref:TAS.*] | [uniprot-DBxref:IDA.*]) ! (((((([uniprot-DBxref:IMP.*] | [uniprot-DBxref:IGI.*]) | [uniprot-DBxref:IPI.*]) | [uniprot-DBxref:ISS.*]) | [uniprot-DBxref:IEP.*]) | [uniprot-DBxref:NAS.*]) | [uniprot-DBxref:IEA.*])) > parent )) "
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции 236 "((((([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & ([uniprot-DbName:GO*] > parent )) & ((([uniprot-DBxref:P:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:C:cytoplasm*]) > parent )) & (([uniprot-DBxref:IEA.*] ! ((((((([uniprot-DBxref:IMP.*] | [uniprot-DBxref:IGI.*]) | [uniprot-DBxref:IPI.*]) | [uniprot-DBxref:ISS.*]) | [uniprot-DBxref:IEP.*]) | [uniprot-DBxref:NAS.*]) | [uniprot-DBxref:TAS.*]) | [uniprot-DBxref:IDA.*])) > parent )) "

Arabidopsis thaliana При выполнении этого задания я руководствовалась общепринятой иерархией кодов доказательств, согласно которой самыми хорошими доказательствами функции являются коды IDA (получены в результате исследования) и TAS (согласно утверждению автора).
Коды доказательств и их подробную расшифровку можно посмотреть здесь .
Качество аннотации функции цитоплазматических белков Arabidopsis thaliana не очень хорошее. Аннотации большей части белков (236) содержат самые плохие доказательства функции и лишь з цитоплазматических белка Arabidopsis thaliana имеют хорошие доказательства функции (TAS и IDA).

Описание функции белка TRUB_ECOLI с помощью ресурсов EcoCyc

tRNA pseudouridine 55 synthase (тРНК псевдоуридинсинтетаза) — фермент, участвующий в процессинге (созревании) тРНК: катализирует превращение уридина в псевдоуридин.
  • Локализация — цитоплазма
  • Катализируемая реакция: 
    TRNA URIDINE <=> TRNA PSEUDOURIDINE

    На главную страницу четвертого семестра

    © Армаш Татьяна,2006