Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Try2Fly/t2_files/conser.html
Дата изменения: Mon Dec 19 10:52:10 2005
Дата индексирования: Tue Oct 2 11:31:26 2012
Кодировка: Windows-1251
Консервативные аминокислотные остатки в выборке 10 потенциальных ортологов белка AQPZ_ECOLI.

Консервативные аминокислотные остатки в выборке 10 потенциальных ортологов белка AQPZ_ECOLI.
Матрица попарного сходства последовательностей выборки
(в % идентичности):

Выравнивание 10 потенциальных ортологов белка
AQPZ_ECOLI
(выполнено программой emma):
                                                                                                           
                                            *                 2 0                   *                      
A Q P Z _ V I B P A   :   - - - - M N K Y L A E A F G T F W L V L G G C G S A V L A A G F P D V   :     3 1
A Q P Z _ V I B V U   :   - - - - M N K Y L A E L F G T F W L V L G G C G S A V L A A A F P D V   :     3 1
A Q P Z _ S H E O N   :   - - - M S Q K M A A E F L G T L W L V L G G C G S A V L A A A F P E V   :     3 2
A Q P Z _ P S E A E   :   - - - - M K Q Y G A E F F G T F W L V L G G C G S A V L A A G V P E L   :     3 1
A Q P Z _ R H O P A   :   - - M N T N K Y L A E M I G T F W L T F A G C G S A V I A A G F P Q V   :     3 3
A Q P Z _ B R A J A   :   - - M D M K K Y A A E A I G T F W L T F A G C G S A V I A A G F P Q V   :     3 3
A Q P Z _ C H R V O   :   - - - - M K S Y G A E F L G T F W L V L G G C G S A V L A A G F P N L   :     3 1
A Q P Z _ E C O L I   :   - - - M F R K L A A E C F G T F W L V F G G C G S A V L A A G F P E L   :     3 2
A Q P Z _ B O R B R   :   M Q P L F K R C G A E F F G T F W L V L G G C G S A V L A A G V P Q V   :     3 5
A Q P Z _ B R U M E   :   - - - M L N K L S A E F F G T F W L V F G G C G S A I L A A A F P E L   :     3 2
                                            A E     G T f W L v   g G C G S A v l A A   f P                
                                                                                                           
                                4 0                   *                 6 0                   *            
A Q P Z _ V I B P A   :   G I G L L G V A L A F G L T V L T M A F A I G H I S G C H L N P A V T   :     6 6
A Q P Z _ V I B V U   :   G I G L L G V S L A F G L T V L T M A F A I G H I S G C H L N P A V T   :     6 6
A Q P Z _ S H E O N   :   G I G L L G V S L A F G L T V L T M A F A I G H I S G C H L N P A V S   :     6 7
A Q P Z _ P S E A E   :   G I G Y L G V A L A F G L S V L T M A Y A I G P I S G A H L N P A V S   :     6 6
A Q P Z _ R H O P A   :   G I G L V G V S L A F G L S V V T M A Y A I G H I S G C H L N P A V T   :     6 8
A Q P Z _ B R A J A   :   G I G L V G V S L A F G L S V V T M A Y A I G H I S G C H L N P A V T   :     6 8
A Q P Z _ C H R V O   :   G I G F A G V A L A F G L T V V T M A Y A I G H I S G C H L N P A V S   :     6 6
A Q P Z _ E C O L I   :   G I G F A G V A L A F G L T V L T M A F A V G H I S G G H F N P A V T   :     6 7
A Q P Z _ B O R B R   :   G I G Y A G V A L A F G L T V L T M A Y A V G H I S G G H F N P A V T   :     7 0
A Q P Z _ B R U M E   :   G I G F L G V A L A F G L T V L T M A Y A V G G I S G G H F N P A V S   :     6 7
                          G I G     G V   L A F G L   V   T M A   A   G h I S G   H   N P A V              
                                                                                                           
                                          8 0                   *               1 0 0                      
A Q P Z _ V I B P A   :   V G L W A G G R F D T K D V A P Y I I A Q V I G G L I A G G I L Y V I   :   1 0 1
A Q P Z _ V I B V U   :   I G L W A G G R F E A K E I V P Y I L A Q V I G G V I A G G V L Y T I   :   1 0 1
A Q P Z _ S H E O N   :   F G L W A G G R F P T S E L L P Y I I A Q V A G G I A G A G V L Y L I   :   1 0 2
A Q P Z _ P S E A E   :   V G L W V G G R F P A S Q L L P Y V V A Q V L G G L A A G G V L Y L I   :   1 0 1
A Q P Z _ R H O P A   :   L G L A A G G R F P V K Q I A P Y I I A Q V L G A I A A A A L L Y L I   :   1 0 3
A Q P Z _ B R A J A   :   V G L A A G G R F P A G Q I L P Y V I A Q V C G A I V A A E L L Y I I   :   1 0 3
A Q P Z _ C H R V O   :   I G L W A G G R F P A G Q L A P Y I V A Q V L G A I A A G A V L Y V I   :   1 0 1
A Q P Z _ E C O L I   :   I G L W A G G R F P A K E V V G Y V I A Q V V G G I V A A A L L Y L I   :   1 0 2
A Q P Z _ B O R B R   :   V G L A A S G R F G W R D V P P Y I V A Q V V G A I V A A A T L A S I   :   1 0 5
A Q P Z _ B R U M E   :   L G L T V A G R L P A K D L I P Y W V A Q V L G A I A A A A I L Y V I   :   1 0 2
                            G L   a g G R f             p Y     A Q V   G       a       L y   I            
                                                                                                           
                                  *               1 2 0                   *               1 4 0            
A Q P Z _ V I B P A   :   A T G Q A G F D V V G S G F A A N G Y G E H S P G Q Y S M L A A L V S   :   1 3 6
A Q P Z _ V I B V U   :   A S G Q M G F D A T S S G F A S N G Y G E H S P G G Y S L T S A L V T   :   1 3 6
A Q P Z _ S H E O N   :   A S G Q E G F S L A A G - F A S N G F G E H S P G G Y S M I S V M I C   :   1 3 6
A Q P Z _ P S E A E   :   A S G K A G F D L A A G - F A S N G Y G E H S P G G Y S L Q A A L V S   :   1 3 5
A Q P Z _ R H O P A   :   A S G A A G F D L A K G - F A S N G Y G A H S P G Q Y N L V A C F V M   :   1 3 7
A Q P Z _ B R A J A   :   A S G A P G F D V T K G - F A S N G Y D A H S P G Q Y S M M A C F L T   :   1 3 7
A Q P Z _ C H R V O   :   A S G G A G F D V A K G - F A S N G Y A E H S P G G Y S L L A A L V C   :   1 3 5
A Q P Z _ E C O L I   :   A S G K T G F D A A A S G F A S N G Y G E H S P G G Y S M L S A L V V   :   1 3 7
A Q P Z _ B O R B R   :   A Q G V A G F D L V A S K F A A N G Y G D H S P G K Y S M Q A A L I C   :   1 4 0
A Q P Z _ B R U M E   :   A S G K D G F S A G G - - L A S N G Y G E L S P G G Y S M M A G L L I   :   1 3 5
                          A s G     G F d           f A s N G y g   h S P G   Y s                          
                                                                                                           
                                            *               1 6 0                   *                      
A Q P Z _ V I B P A   :   E I V M T M M F L I V I M G A T D K R A P Q G F A P I A I G L C L T L   :   1 7 1
A Q P Z _ V I B V U   :   E V V M T M M F L L V I L G A T D Q R A P Q G F A P I A I G L C L T L   :   1 7 1
A Q P Z _ S H E O N   :   E I V M T L F F L L V I L G S T D E R A P K G F A P I A I G L C L T L   :   1 7 1
A Q P Z _ P S E A E   :   E V V L T G M F L L I I L G A T S K R A P Q G F A P I A I G L T L T L   :   1 7 0
A Q P Z _ R H O P A   :   E V V M T M M F L F V I M G S T H G K A P A G F A P L A I G L A L V M   :   1 7 2
A Q P Z _ B R A J A   :   E V V M T M M F L F I I M G A T H G R A P A G F A P L A I G L A L V M   :   1 7 2
A Q P Z _ C H R V O   :   E V V M T M F F L L V I M G A T D K R A P A G F A P L A I G L A L T L   :   1 7 0
A Q P Z _ E C O L I   :   E L V L S A G F L L V I H G A T D K F A P A G F A P I A I G L A L T L   :   1 7 2
A Q P Z _ B O R B R   :   E I V L S A G F V F V I L G A T D K R A P A G F A P I P I G L A L T L   :   1 7 5
A Q P Z _ B R U M E   :   E I I L T A F F I I I I L G S T S S L A P A G F A P I A I G F G L T L   :   1 7 0
                          E   v   t     F l     I   G   T       A P   G F A P   a I G l   L t l            
                                                                                                           
                              1 8 0                   *               2 0 0                   *            
A Q P Z _ V I B P A   :   I H L I S I P V T N T S V N P A R S T A V A M Y V G D W A V S Q L W L   :   2 0 6
A Q P Z _ V I B V U   :   I H L I S I P V T N T S V N P A R S T G V A L Y V G D W A T A Q L W L   :   2 0 6
A Q P Z _ S H E O N   :   I H L I S I P I S N T S V N P A R S T G P A L F V G D W A V S Q L W L   :   2 0 6
A Q P Z _ P S E A E   :   I H L I S I P V T N T S V N P A R S T A V A L Y V G D W A V S Q L W L   :   2 0 5
A Q P Z _ R H O P A   :   I H L V S I P V T N T S V N P A R S T G P A L F V G G W A I G Q L W L   :   2 0 7
A Q P Z _ B R A J A   :   I H L V S I P V T N T S V N P A R S T G P A L F V G G W A M A Q L W L   :   2 0 7
A Q P Z _ C H R V O   :   I H L I S I P V T N T S V N P A R S T G V A L F V G G W A V Q Q L W L   :   2 0 5
A Q P Z _ E C O L I   :   I H L I S I P V T N T S V N P A R S T A V A I F Q G G W A L E Q L W F   :   2 0 7
A Q P Z _ B O R B R   :   I H L I S I P V T N T S V N P A R S T G P A L F V G G W A L E Q L W L   :   2 1 0
A Q P Z _ B R U M E   :   I H L V S I P V T N T W V N P A R S T G V A L F A D T A A L S Q L W L   :   2 0 5
                          I H L   S I P v t N T s V N P A R S T     A l   v g   w A     Q L W l            
                                                                                                       
                                        2 2 0                   *               2 4 0                  
A Q P Z _ V I B P A   :   F W V A P I V G G V L G A V I Y K N L L G K E S N D - - - - - - -   :   2 3 2
A Q P Z _ V I B V U   :   F W V A P I L G A L L G A V A Y K L I S G S N K D - - - - - - - -   :   2 3 1
A Q P Z _ S H E O N   :   F W A A P I I G A I L A G V I Y R Y F N A A K - - - - - - - - - -   :   2 2 9
A Q P Z _ P S E A E   :   F W V A P I L G A V L G A L A Y R L I G D K N D - - - - - - - - -   :   2 2 9
A Q P Z _ R H O P A   :   F W V A P L L G G V L G G V I Y R V L S P E P T G V V E G V K A R   :   2 4 0
A Q P Z _ B R A J A   :   F W V A P L I G G A L G G V I Y R W L S E E P T G V V A G A K A A   :   2 4 0
A Q P Z _ C H R V O   :   F W L A P I I G A V L G A K V Y R L I A G E S E - - - - - - - - -   :   2 2 9
A Q P Z _ E C O L I   :   F W V V P I V G G I I G G L I Y R T L L E K R D - - - - - - - - -   :   2 3 1
A Q P Z _ B O R B R   :   F W L A P I A G A L V G A L A Y R L V G T P S A Q R - - - - - - -   :   2 3 6
A Q P Z _ B R U M E   :   F W V A P L V G A V I G A I I W K G L L G R D - - - - - - - - - -   :   2 2 8
                          F W   a P     G       g       y                                              
  • Черной заливкой выделены абсолютно консервативные позиции;
  • Серой заливкой выделены позиции, консервативные не менее чем на 80%;
  • Красным шрифтом выделены позиции аминокислотных остатков,
    находящихся в белке AQPZ_ECOLI на расстоянии от лиганда (BGL 602),
    не меньшем 5 ангстрем.
Область взаимодействия лиганда BGL 602 с белком AQPZ_ECOLI
(красной линией выделена реальная область контакта):


  • Красным выделены аминокислотные остатки, находящиеся в
    множественном выравнивании на абсолютно консервативных позициях;
  • Темно-розовым выделены остатки, находящиеся на позициях,
    консервативных не менее чем на 80%;
  • Светло-розовым выделены остатки, находящиеся на неконсервативных позициях.
    Как можно заметить, полученные результаты достаточно странны: консервативность области контакта довольно невысока, к тому же аминокислотные остатки, контактирующие с лигандом, были выбраны весьма неточно. Если же мы обратимся к более точному экспериментальному определению области контакта, по которому остатки Thr191, Gly199, Leu202 — контактируют с лигандом, а остатки Glu203 и Gly198 вдобавок взаимодействуют с ним, то увидим еще более интересную картину. Так, позиции взаимодействующих с лигандом остатков являются менее консервативными, чем позиции остатков, просто контактирующих с лигандом, а остатки Leu205 и Val89, находящиеся на абсолютно консервативных позициях, вообще не входят в область контакта, как впрочем и не столь консервативные остатки Ile93 и Ile195.
    На первый взгляд это кажется почти необьяснимым, но если вспомнить некоторые особенности этих белка и лиганда — можно проследить некую закономерность. BGL (B-2-Octylglucoside) не является природным лигандом белка AQPZ_ECOLI, а используется при рентгено-структурном анализе как имитатор клеточных мембран (данный белок является интермембранным). Можно предположить, что гидрофобный "хвост" молекулы BGL имитирует непосредственно липидные структуры мембраны, а его гидрофильная "головка", с которой непосредственно и идет взаимодействие белка, — окружающую среду. То есть по сути дела остатки, взаимодействующие с лигандом, в естественных условиях "высовываются" наружу, в то время как остатки просто контактирующие с ним — находятся в составе сложных интермембранных структур. Очевидно что вторая группа гораздо более консервативна, так как кроме гидрофобных свойств, аминокислоты должны обладать и сходными структурными особенностями. (Кстати, можно заметить, что на приведенной картинке консервативность остатков увеличивается по направлению к "хвосту" BGL, что равнозначно направлению внутрь мембраны. Это можно рассматривать как подтверждение моего предположения.)