Реконструкция филогенетических деревьев

Реконструкция филогенетического дерева выборки из 10 ортологов белка AQPZ_ECOLI:

Матрица попарных расстояний
(построена на основе множественного выравнивания):



AQPZ_VIBPA 0.00000  
AQPZ_VIBVU 0.21558 0.00000
AQPZ_SHEON 0.37263 0.33126 0.00000
AQPZ_PSEAE 0.31325 0.28925 0.37519 0.00000
AQPZ_RHOPA 0.41531 0.41497 0.45853 0.46546 0.00000
AQPZ_BRAJA 0.42537 0.42047 0.47635 0.46720 0.17422 0.00000
AQPZ_CHRVO 0.32039 0.30455 0.36592 0.25595 0.34861 0.35704 0.00000
AQPZ_ECOLI 0.37420 0.40142 0.42200 0.39199 0.51223 0.49171 0.38662 0.00000
AQPZ_BORBR 0.44811 0.47045 0.51133 0.39345 0.54591 0.54181 0.37878 0.39710 0.00000
AQPZ_BRUME 0.48599 0.53093 0.52230 0.45818 0.58154 0.61170 0.48469 0.44765 0.54756

Неукорененное дерево, реконструированное
методом Neighbor-Joining:
+--------AQPZ_PSEAE ! ! +---------AQPZ_ECOLI ! +--3 8--4 +---------------AQPZ_BRUME ! ! ! +-------------AQPZ_BORBR ! ! +-----AQPZ_VIBPA ! +--2 ! +--6 +-----AQPZ_VIBVU ! ! ! ! ! +------------AQPZ_SHEON +--7 ! +----AQPZ_RHOPA ! +---------1 +--5 +----AQPZ_BRAJA ! +------AQPZ_CHRVO

Скобочная формула данного дерева:

(AQPZ_PSEAE:0.14207,((AQPZ_ECOLI:0.17130,AQPZ_BRUME:0.27635):0.01670, AQPZ_BORBR:0.23180):0.03103,(((AQPZ_VIBPA:0.10703,AQPZ_VIBVU:0.10855):0.04103, AQPZ_SHEON:0.20312):0.01286,((AQPZ_RHOPA:0.08404,AQPZ_BRAJA:0.09018):0.15903, AQPZ_CHRVO:0.10669):0.02597):0.01200);

Укорененное ультраметрическое дерево, реконструированное методом UPGMA:

                    +------AQPZ_VIBPA
                 +--2  
                 !  +------AQPZ_VIBVU
              +--4  
              !  !  +-------AQPZ_PSEAE
           +--5  +--3  
           !  !     +-------AQPZ_CHRVO
        +--6  !  
        !  !  +----------AQPZ_SHEON
     +--7  !  
     !  !  +-----------AQPZ_ECOLI
     !  !  
  +--8  +------------AQPZ_BORBR
  !  !  
  !  !       +-----AQPZ_RHOPA
--9  +-------1  
  !          +-----AQPZ_BRAJA
  !  
  +---------------AQPZ_BRUME

Скобочная формула данного дерева:

(((((((AQPZ_VIBPA:0.10779,AQPZ_VIBVU:0.10779):0.04564,(AQPZ_PSEAE:0.12798, AQPZ_CHRVO:0.12798):0.02546):0.02719,AQPZ_SHEON:0.18063):0.01700, AQPZ_ECOLI:0.19762):0.01898,AQPZ_BORBR:0.21660):0.00986, (AQPZ_RHOPA:0.08711,AQPZ_BRAJA:0.08711):0.13935):0.03301, AQPZ_BRUME:0.25947);

Как можно заметить разные методы дали достаточно непохожие результаты, тем не менее можно сделать некоторые предположения касательно расположения корня на неукорененном дереве, построенном с помощью NJ-метода. Скорее всего он находится между узлом 3 и листом AQPZ_BRUME, так как именно при таком расположении этот белок выделяется в отдельную от всех остальных группу, что мы несомненно можем заметить на дереве, построенном UPGMA-методом.