Третий семестр

Этот семестр — о нуклеиновых кислотах, о банках данных нуклеотидных последовательностей. Мы будем смотреть на последовательности нуклеотидов в них как на биологические тексты, как раньше смотрели на аминокислотные последовательности в белках.

В первом блоке мы изучали пространственную и вторичную структуры как ДНК, так и РНК, научились пользоваться программами для поиска комплементарных пар в PDB-файле (программа find_pair) и даже для построения вторичной структуры нуклеиновой кислоты с помощью алгоритма Зукера (mfold) только по известной последовательности нуклеотидов!

Второй блок был посвящен изучению последовательностей нуклеиновых кислот: поиску гомологов и выбору программ для это цели, нахождению информации в банке данных EMBL, а также аннотации недавно секвенированного участка бактериального генома.

В третьем блоке этого семестра мы строили филогенетические деревья для нуклеотидных последовательностей, восстанавливали эволюционную модель по листьям дерева и познакомились с различными способами измерения расстояний между последовательностями.

• Пространственное строение нуклеиновых кислот:

  • Исследование вторичной и третичной структур изолейциновой тРНК
  • Пространственная структура ILE-tRNA и скрипт для RasMol (PDB-код - 1ffy)

• Работа с последовательностями нуклеиновых кислот:

  • Информация банка EMBL о гене белка CRP_ECOLI
  • Структура транслируемых участков человеческого гена
  • Поиск гомологов белка CRP_ECOLI в геномах родственных бактерий
  • Предсказание генов во фрагменте генома бактерии Yersinia bercovieri

• Филогенетические деревья. Эволюция нуклеотидных последовательностей:

  • Элементарные эволюционные события
  • Эволюционная модель
  • Эволюционные расстояние между последовательностями
  • Реконструкция филогенетического дерева c помощью разных методов

• Програмный пакет PHYLIP:

  • Анализ филогении деревьев с помощью различных алгоритмов
  • Визуализация деревьев
  • Реконструкция предковой последовательности