Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Wiolanta/t3_files/Protocol7.doc Дата изменения: Tue Dec 27 14:39:45 2005 Дата индексирования: Tue Oct 2 13:12:35 2012 Кодировка: koi8-r

I. С помощью программы TBLASTN был произведен поиск ближайшего гомолога
белка CAN_ECOLI в геноме бактерии Vibrio cholerae:

Гомолог: AE004143; e-value = 6e-69.
Координаты выравнивания: 10656-10003, то есть этот участок ДНК
(координаты закодированного белка: 10656-9988; AC его: Q9KUD6) расположен
на комплементарной цепи.
Других гомологов с e-value < 0,01 нет.

II. Далее с помощью той же программы был произведен поиск гомологов
CAN_ECOLI с e-value < 0,01 в трех геномах: Vibrio cholerae, Pasteurella
multocida, Pseudomonas aeruginosa (все найденные гомологи неаннотированны):

1) Pasteurella multocida:
Гомолог: AE006093; e-value = 2e-71
Координаты выравнивания: 2787- 2152; аналогично гомологу из Vibrio
cholerae участок ДНК расположен на комплементарной цепи.

2) Vibrio cholerae:
Смотри выше (пункт I). Заметим, что при поиске гомолога по трем геномам e-
value данной находки увеличилось на порядок (теперь оно равно 2e-68), что,
видимо, связано с увеличением размера банка поиска и, следовательно, при
этом увеличивается вероятность найти тот или иной гомолог.

3) Pseudomonas aeruginosa:
В данном геноме было найдено три гомолога белка CAN_ECOLI:

a) Гомолог: AE004881; e-value = 5e-60
Координаты выравнивания: 6746-6126; аналогично гомологу из Vibrio
cholerae участок ДНК расположен на комплементарной цепи.

b) Гомолог: AE004631; e-value = 3e-14
Координаты выравнивания: 10711-10199; аналогично гомологу из Vibrio
cholerae участок ДНК расположен на комплементарной цепи.

c) Гомолог: AE004449; e-value = 2e-12
Координаты выравнивания: 333- 863.

III. Следующим пунктом программы был поиск гомологов гена белка CAN_ECOLI
в трёх геномах с помощью программы BLASTN.
Были найдены семнадцать «гомологов»; слово сие заключено в кавычки по
причине черезчур высокого e-value этих находок - самое низкое равно 0.37;
плюс к тому, гомологи ищутся по локальным выравниваниям, а что это за
гомолог, если выравнивания совпадают только на шестнадцати позициях.