Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Wiolanta/t2_files/comp.html
Дата изменения: Fri May 13 15:00:06 2005
Дата индексирования: Tue Oct 2 10:45:46 2012
Кодировка: Windows-1251
Сравнение ClustalW и BaliBase
На главную страницу семестра

Сравнение множественного выравнивания,
полученного с помощью программы ClustalW,
с 'биологически правильным' выравниванием из BaliBase


ДАНО:
  • Идентификатор выравнивания из BaliBase: 1pii_ref1.
  • Идентификаторы последовательностей: O27694, P24920, P18304, P00911.

  • Максимальный процент совпадения последовательностей: 35.
  • Минимальный процент совпадения последовательностей: 31.

    Заданный фрагмент из BaliBase: 

    TRPC_METTH  92  FHGSIEFLREASEyg......ipLLM
TRPC_PHYPR  74  FKGSLDDMMEAREvvegmsqrpaILR
TRPC_HALVO  93  FGGSAESLRRIREavd.....vpVLR
TRPC_ACIAD  94  FQGADENIAIARQhcs.....lpALR
    Сравнение:
      И  
    Изображения выравниваний аминокислотных последовательностей белков TRPC_METTH, TRPC_PHYPR, TRPC_HALVO, TRPC_ACIAD. Совпадающие столбцы выделены зеленым цветом. "Биологически неправильные" столбцы выделены бледно-желтым. Синим выделены аминокислотные остатки, почему-то не совпадающие в последовательностях BaliBase и взятые в базе данных Swiss-Prot

    Результаты:
    В фрагменте множественного выравнивания длиной 25 аминокислотных остатков — 60% биологически правильных колонок. Все они совпадают в выравнивании BaliBase и ClustalW. НО есть один странный факт: в белке TRPC_METTH из PDB-выравнивания некоторые аминокислоты иные, нежели в последовательности. По всей видимости, это произошло потому, что при рентгено-структурном анализе эти аминокислотные остатки просто были неправильно определены.


    На главную страницу семестра

    © Закирзянова Виоланта, 2005