Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~a_anisenko/term6/9.html
Дата изменения: Sat Apr 21 17:27:23 2012
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:42:53 2012
Кодировка: Windows-1251
Молекулярное моделирование биополимеров
На главную

Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом


  1. Подготовка файлов
  2. При помощи программы muscle, установленной на кодомо, создал выравнивание своего белка (lys_antmy.fasta) c лизоцимом из радужной форели. Выравнивание было импортировано в GeneDoc и сохранено в формате PIR (1out.pir)
    Для дальнейшей работы модифицируем файл выравнивание:
    1. Переименовываем последоваельность в файле выравнивания, как описано в примере:

    Было

    Стало

    >P1;uniprot|P37712|LYSC_CAMDR

    >P1;seq

    >P1;1LMP|PDBID|CHAIN|SEQUENCE

    >P1;1lmp


    2.После имени моделируемого белка добавляем строчку: sequence:ХХХХХ::::::: 0.00: 0.00 (входные параметры для modeller)
    После имени белка-образца: structureX:1lmp_now.ent:1 :A: 132 :A:undefined:undefined:-1.00:-1.00 (содержит информацию о файле со структурой белка, номер первого и последнего остатка, идентификатор цепи)
    3. В конце каждой последовательности добавляем /. (/-конец цепи белка, . -количество лигандов).
    2out.pir - конечный вариант выравнивания
    4. Модификация файла со струтурой: удаляем молекулы воды, всем атомам лиганда присваиваем один и тот же номер "остатка" (MODELLER считает, что один лиганд = один остаток) и модифицируйем имена атомов каждого остатка, добавив в конец буквы A, B, C (смысл операции в том, что атомы остатка 130 имели индекс А, атомы остатка 131 имели индекс В и т.д).
    5. Создадим управляющий скрипт.
    Для этого вначале проанализируем одородные связи в молекуле 1LMP, которые обеспечивают удержание лиганда в структуре белка.
    Ниже приведена структура белка с лигандом и водородными связями (обозначены желтым пунктиром):

    на схеме, приведенной ниже, мы видим остатки и атомы в их составе, которые формируют водородные связи.

    над верхней последовательностью (seq) подписаны контакты в будущей модели. Видим, что в будущей моделе будут отсутсвовать две водородные связи, образованные аминокислотами с номерами 101 и 103. видимо данные водородные связи наименее важны для связывания лиганда. Также в выравнивании 109VAL последовательности 1lmp заменен на 104SER. Но валин формировал водородную связзь с лигандом посредством амино группы в составе пептидной связи. Таким образом при моделировании структуры нового белка бы запустить скрипт два раза:
    1)не учитывая контакт SER104/N-130/O6C,
    2)учитывая контакт SER104/N-130/O6C.
    (Но мы обойдемся без этого, т.к. того количества водородных связей, которое мы используем уже достаточно для точного построения структуры белка (минимальное количество водородных свзяей для правильной пространственной фиксации лиганда = 3))
    В результате работы скрипта lys_antmy.py получили следующие модели:
    seq1.pdb
    seq2.pdb
    seq3.pdb
    seq4.pdb
    seq5.pdb
    6. Анализ результатов
    Для оценки качества структур воспользуемся средствами, предоставляемыми ресурсом WHAT IF.
    в нем собран огромный пакет для работы с различными струкурами. Например, для проверки правильности моделей есть специальный пакет алгоритмов Structure validation. Ниже в таблице приведены значения для исследуемых параметров (1, 2, 3 .. - номер модели, 0 - исходная структура).
    Будим считать лучшей моделью ту стурктуру, параметры которой наиболее близки к параметрам исходной pdb структуры
    ? моделиRMS Z-score for bond lengthsRamachandran Z-scoreRMS Z-score for bond angles
    11.027-2.1731.422
    21.029-1.9151.437
    31.034-2.1181.505
    41.029-1.9431.385
    51.017-1.6601.439
    00.839-0.9651.752

    Первые два параметра ближе всего к показателям нулевой модели (исходная структура) в случае пятой модели. далее свою работу удем проводить именно с ней

    ©Анисенко Андрей