Практикум 1: электронная плотность, кинематическая теория рассеяния, соответствие модели экспериментальным данным (THIM_BACSU,
1. Разрешение структуры 1ESJ равно 1.8 Å
2. Ниже на рисунке представлены структуры белка THIM_BACSU:
|
|
3. Субъединица белка, вписанная в электронную плотность
| Уровень электронной плотности 1 | Уровень электронной плотности 2 | Уровень электронной плотности 3 |
|
|
|
Из данных картинок видно, что чем больше уровень подрезки электронной плотности, тем более меньшего радиуса получаем изображение (функция электронной плотности сильнее "прилипает" к аминокислотным остаткам). Также мы видим, что при высоких значениях подрезки (например, 3) мы не видим электронной плотности у многих остатков.
4. Пептид вписанный в электронную плотность
| Уровень электронной плотности 1 | Уровень электронной плотности 2 | Уровень электронной плотности 3 |
|
|
|
На примере отдельных аминокислотных остатков наши утверждения о функции электронной плотности подтвердились. При этом при большом значении уровня подрезки мы можем вписать атомы аминокислотного остатка с большей точностью
©Анисенко Андрей