Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~aksinia/Term4/practice3.html
Дата изменения: Sat Mar 17 16:13:06 2007 Дата индексирования: Tue Oct 2 11:42:22 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Последовательность команд:
fseqboot mutanty.fasta -test j -auto fdnaml mutanty.fseqboot -ttratio 1 -auto fconsense mutanty.treefile
+------E +-94.0-| +-84.0-| +------F | | +------| +-------------D | | | | +------A | +--------95.0-| | +------B | +---------------------------C |
+-------------D +100.0-| | | +------F | +100.0-| +------| +------E | | | | +------A | +-------100.0-| | +------B | +---------------------------C |
Деревья с точки зрения разбиений идентичны, но бутстреп-значения внутренних ветвей различны. Программа jackknife создала дерево так, что все полученные ветви вошли в консенсусное дерево и в результате получилось совершенно однозначное реконструирование дерева.
Последовательность команд:
fretree 6 mutanty.treefile (на вход подается скобочная формула дерева, реконструированного методом Neighbor-joining) NEXT? M (Midpoint root the tree) (таким образом дерево укореняется в среднюю точку) Do you want to write out the tree to a file? (Y or N): Y Enter R if the tree is to be rooted, OR enter U if the tree is to be unrooted: R (таким образом было получено укоренненое дерево):
,-------------------------------------------------------4:E ,----------------10 ! `------------------------------------------------5:F ! -11 ,---------------------------------6:A ! ,-------------------7 ! ,---------------8 `---------------------1:B ! ! ! `---9 `--------------------------------------------2:C ! `---------------------------------------------------------------3:D
Последовательность команд:
fdrawgram mutanty.treefile -style p Plot written to file "mutanty.ps"
Была использована опция программы fdrawgram
-style p (phenogram (branches are square));
Остальные параметры были использованы по умолчанию.
Полученное дерево: