Программа jackknife
Последовательность команд:
fseqboot mutanty.fasta -test j -auto fdnaml mutanty.fseqboot -ttratio 1 -auto fconsense mutanty.treefile
+------E
+-94.0-|
+-84.0-| +------F
| |
+------| +-------------D
| |
| | +------A
| +--------95.0-|
| +------B
|
+---------------------------C
|
+-------------D
+100.0-|
| | +------F
| +100.0-|
+------| +------E
| |
| | +------A
| +-------100.0-|
| +------B
|
+---------------------------C
|
Деревья с точки зрения разбиений идентичны, но бутстреп-значения внутренних ветвей различны. Программа jackknife создала дерево так, что все полученные ветви вошли в консенсусное дерево и в результате получилось совершенно однозначное реконструирование дерева.
Программа fretree
Последовательность команд:
fretree 6 mutanty.treefile (на вход подается скобочная формула дерева, реконструированного методом Neighbor-joining) NEXT? M (Midpoint root the tree) (таким образом дерево укореняется в среднюю точку) Do you want to write out the tree to a file? (Y or N): Y Enter R if the tree is to be rooted, OR enter U if the tree is to be unrooted: R (таким образом было получено укоренненое дерево):
,-------------------------------------------------------4:E
,----------------10
! `------------------------------------------------5:F
!
-11 ,---------------------------------6:A
! ,-------------------7
! ,---------------8 `---------------------1:B
! ! !
`---9 `--------------------------------------------2:C
!
`---------------------------------------------------------------3:D
Изображение переукорененного дерева из предыдущего упражнения как филограммы (phenogram), ориентированной вправо
Последовательность команд:
fdrawgram mutanty.treefile -style p Plot written to file "mutanty.ps"
Была использована опция программы fdrawgram
-style p (phenogram (branches are square));
Остальные параметры были использованы по умолчанию.
Полученное дерево:
