Белок-нуклеиновые контакты

• Сравнение PDB-файла и биологической единицы

  1nlw_mmol.pdb	1nlw.pdb

  Можно легко заметить, что вторая структура очень похожа на удвоенную и сложенную "валетом" первую структуру. Далее работа идет с первой структурой.

• Исследование контактов между молекулами белка и нуклеиновой кислоты

  Здесь находится скрипт для выпонения этого задания.

  	Полярные	Гидрофобные	Всего
  Контакты белка с ...
  ... остатками 2'-дезоксирибозы	1	14	15
  ... остатками фосфорной кислоты	15	11	26
  ... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	6	21	27
  ... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

  Наибольшее количество контактов между белком и остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки. Всего гидрофобных контактов гораздо больше, чем полярных. Исследуемый белок взаимодействует с большой бороздкой ДНК и вообще не контактирует с остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки.

• Поиск специфических контактов, обеспечивающих узнавание сайта в молекуле ДНК

  Можно предположить, что учатками белка, ответственными за спецефичность узнавания белком ДНК, явлюятся например THR 38 из цепи А и SER238 из цепи В. Наиболее интересным из них я считаю первый, потому что он находится на более близком расстоянии от молекул ДНК.

  

  Серым выделен белок. Желтым - ДНК.

• Описание функций исследованного белка

  Основные helix-loop-helix белки (bHLH) - группа эукареотических факторов транскрипции, которые влияют на разнообразные пути развития. Эти факторы транскрипции характеризуются эволюционно сохраненной областью домена bHLH, который катализирует димеризацию. Они облегчают процесс димеризации мономеров в соответствующих стадиях развития.

  Выделено 7 классов белков BHLH. Белки класса I формируют димеры в пределах своей группы или с белками класса II. Класс II может сформировать гетеродимеры только с белками из I класса. Белки класса III характеризуются присутствием лейциновой "молнии", смежной с bHLH областью. Факторы класса IV могут сформировать гомодимеры или тетродимеры с белками класса III. Класс V и белки класса VI действуют как регуляторы класса I, а факторы класса II и белки класса VII имеют домен PAS.

  Остаток, кторый я выбрала в предыдущем упражнении оказался не консервативным.

• Построение схемы контактов белка с ДНК

  

  Число контактов на рисунке значительно меньше, чем в таблице из 1 задания. Это можно объяснить тем, что программа nucplot предъявляет более жесткие требования, чем расстояние в 3.5/4.5 ангстрем между одновременно полярными/неполярными атомами.