Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~alex/Term2/global_alignment.html
Дата изменения: Thu Sep 14 14:44:48 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 13:53:32 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Построение схемы переходов проходило по алгоритму Нидельмана-Вунша. Параметры
были заданы следующим образом: вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за гэп G= -2
Значение в каждой ячейке - P(i,j) - бралось как максимальное из трех возможных:
где a(i+1) и a(j+1) аминокислоты предыдущей строки и
предыдущего столбца соответственно; S матрица замен (сюда подставляются или
вес совпадения или вес замены).
После построения схемы оптимальный путь был выделен серым цветом. Получившееся выранивание, соответствующее оптимальному пути:
M R Y I
M R A F R |
Кроме того из схемы видно, что существует еще два возможных варианта выравнивания
двух последовательностей, но с меньшим весом:
1. С весом = 10:
M R Y I
M R A F R |
M R Y I
M R A F R |