Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~alexartex/files/results.doc Дата изменения: Wed Oct 6 18:48:00 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 10:45:54 2012 Кодировка: koi8-r

Структура тРНК для пролиновой аминокислоты из Thermus Thermophilus.

Автор:
Артюхин Александр, студент 1-го курса ФББ, возможный студент 2 курса ФББ.

Проделана работа по подробному изучению и анализу вторичной и третичной
структуры тРНК для пролиновой аминокислоты. Отдельное внимание было
обращено на ключевые взаимодействия, ответственные за сохранение
характерной структуры.

Ключевые слова:
тРНК, комплементарность, вторичная и третичная структуры, неканонические
пары оснований, шпилька, псевдоузел.

тРНК это класс нуклеиновых кислот, основное назначение которых досталять
активированные остатки аминокислот в рибосому и обеспечивать их включение в
синтезирующуюся белковую цепь в соотвествии с мРНК. Известно, что тРНК
имеет вторичную структуру клеверного листа, которая в 3D складывается в L-
образную структуру. Цель данной работы - описать вторичную структуру
выбранной тРНК и выявить основные взаимодействия, приводящие к образованию
молекулой характерной L-образной конформации.

Результаты.
Схема вторичной структуры тРНК с указанием всех основных взаимодействий.
[pic]


Контакты, важные для образования третичной структуры РНК.

|Азотистое основание |Азотистое основание |Тип |
| | |взаимодействия |
|U8 |A14 |Комплемент. |
|G15 |C48 |Комплемент. |
|G18 |P55 |Комплемент. |
|G19 |C56 |Комплемент. |
|G45 | |Стэкинг |
|G46 | |Стэкинг |
|A59 | |Стэкинг |



Предсказанная программой Зукера схема вторичной структуры РНК.

Программа после многократных попыток даже с учетом приведения исходного
файла к формату, приведенному на текущем третьем учебном занятии,
продолжала выдавать ошибки и не обработала необходимый файл, представленные
в виде данных в fasta формате. Команда man не дала результатов.




Обсуждение.

Согласно результатам анализа, тРНК представляет из себя L-образную
структуру. За счет стэкинга оснований акцепторный стебель и T-стебель
клеверного листа образуют одну непрерывную двойную спираль (одну из падочек
доменов буквы «L»), а два других стебля антикодоновый и D - другую
непрерывную двойную спираль (второй домен L).
[pic]
Форма РНК поддерживается, в основном за счет устойчивых вторичных структур,
характерных для РНК (спираль, петля - образованных за счет комплементарных
пар), связанных между собой в первую очередь стекинговыми взаимодействиями,
далее комплементарными парами из разных «рукавов» РНК (D- и L петли)
(образуется псевдоузел), а так же отдельными водородными связями в
отдельных местах. Примечательно наличие неканонических пар, неоднократно
встречающихся в структуре.


Сопроводительные материалы.

В файле 1H4S.scr содержится скрипт для Rasmol, позволяющий визуализировать
основные элементы структуры тРНК из PDB записи 1H4S.


Благодарности

Благодарю за неоценимую помощь в работе студента Александра Ивлиева.


Литература


1. Материалы текущих занятий: конспекты, презентации и аудиозапись.
2. О.О.Фаворова, 1998. Строение транспортных РНК и их функция на первом
(предрибосомальном) этапе биосинтеза белков. Соросовский
образовательный журнал, ?11, 71-77
(http://www.pereplet.ru/nauka/Soros/pdf/9811_071.pdf)
3. Отчет о проделанной работе Александра Ивлиева.