SCOP и CATH.

1.  Классификация доменов записи PDB 1OYW согласно SCOP.
   
   Для этой записи нашлось 2 домена:
   
   ДНК-связывающий домен RecQ ДНК-геликазы E.coli;
   Домен RecQ-геликазы E.coli.
   
   ДНК-связывающий домен RecQ ДНК-геликазы E.coli:
   
   
   • Домен занимает цепь А: 407-516
   • Все альфа-белки
   • Укладкка: ДНК-РНК-связывающий трехспиральный комплекс.
     Ядро: 3 спирали; закрытый или частично открытый комплекс; правозакрученный винт
   • Семейство: ДНК-связывающий "domain-like" белка RecQ-геликаза
   • Суперсемейство: "Winged helix" ДНК-связывающий домен
     содержит небольшой бета-лист (wing)
   • В данном суперсемействе 84 семейста, 14 суперсемейств имеют схожую укладку
   
   
   Домен RecQ-геликазы E.coli:
   
   
   • Домен занимает цепь А: 1-206, 207-406
   • Альфа- и бета-белки
     В основном - параллельные бета-листы (бета-альфа-бета участки)
   • Укладкка: P-петля, содержащая нуклеозид трифосфат гидролазы
     3 слоя: альфа-бета-альфа участок, параллельные или смешанные бета-листы различных размеров
   • Семейство: Тандемный ААА-АТФ домен
   • Суперсемейство: P-петля, содержащая нуклеозид трифосфат гидролазы
     
   • В данном суперсемействе 24 семейста
   
   
   
2.  Классификация доменов записи PDB 1OYW согласно CATH.
   
   Итак, для моего белка нашлось 3 домена. Но, в связи с тем, что для этого белка не назначены суперсемейство, CATH-код, я решила взять другую запись pdb: 1G6C (с последующего курса).
   
   Для данного белка нашлось 2 домена.
   
   Первый домен:
   
   
   • Цепь А: 10-235.
   • Классификация по CATH: 3.20.20.70.18.1.1.2.2 .
   • Суперсемейство: альдолазы I, архитекрура: альфа-бета цилиндр(?), топология: TIM Barrel (цилиндр?)
   • В данном суперсемействе 1031 семейство
   • Такую топологию имеют 558 суперсемейств
   
   
   Второй домен:
   
   
   • Цепь B: 1009-1235.
   • Классификация по CATH: 3.20.20.70.18.1.1.2.2 .
   • Суперсемейство: альдолазы I, архитектура: альфа-бета цилиндр(?), топология: TIM Barrel (цилиндр?)
   • В данном суперсемействе 1031 семейство
   • Такую топологию имеют 558 суперсемейств
   
   
   1G6C: (по SCOP)
   
   
   • 2 одинаковых домена цепей А и В: 10-235 и 1090-1235
   • Альфа- и бета-белки
     В основном - параллельные бета-листы (бета-альфа-бета участки)
   • Укладка: TIM-бета/альфа-цилиндры, такую укладку имеют 33 суперсемейства
     содержит параллельные закрытые бета-листовые цилиндры
   • Семейство: Тиамин-фосфат синтаза
   • Суперсемейство: Тиамин-фосфат синтаза
     
   • В данном суперсемействе одно семейство
   
   
   
3.  Различия между CATH и SCOP в описании доменов записи 1G6C
   
   Доменная организация белка записи 1G6C определена в CATH и SCOP одинаково.
   Для одного и того же домена SCOP определил суперсемейство - Тиамин-фосфат синтаза, в котором всего одно семейство, а CATH определил семейство - Альдозы класса I, содержащее 1031 семейство.
   
   
   
4.  Выравнивание двух доменов из разных суперсемейств.
   
   Возьмем все тот же белок 1G6C (альдолазы) и белок 2EBN (гликозидазы). Для них характерна одинаковая топология.
   
   Белок 2EBN имеет один единственный домен (5-289).
   Для начала сохраним pdb-файлы этих белков: 1G6C и 2EBN.
   
   При помощи команды "align" домены белков (5-289, 10-235) были выравнены.
   RSR=5.996, выранивание прошло всего по 44 атомам.
   
   
   
   Следовательно, при одинаковой топология и разных суперсемействах не стоит ожидать полного совмещения доменов.