Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены.

1.  Для димера пуриновых репрессоров 2PUG изобразим:
   
   

   а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной модели мономера;
   

   
   
   Для этого были использованы команды:

   load 1OYW_1.pdb
   select contacts, chain a and (chain d around 5.0)
   remove chain b+c+d
   hide all
   show ribbon, chain a
   show surface, contacts
   set transparency, 0.25
   set surface_quality, 1
   
   Здесь 1OYW_1.pdb - биологическая единица.
   
   
   б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне 
        остовной модели части белка, вовлеченной в контакт; 
   
   
   Красным цветом отмечен участок остова, взаимодействующий с цепью ДНК.
   
   
   Использованные команды:
   select contacts, chain a+d and (chain b+c around 5.0)
   remove chain b+c
   hide all
   show ribbon, byres contacts
   color red, contacts and chain d and name ca
   show surface, contacts
   set transparency, 0.2
   set surface_quality, 1
   
   в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной модели двойной спирали.
   
   
   
   
   
   Использованные команды:
   select contacts, chain b+c and (chain a+d around 5.0)
   remove chain a+d
   hide all
   show sticks, chain b+c
   show surface, contacts
   set transparency, 0.2
   set surface_quality, 1
     
     
    Пользуясь сервисом PROTORP, найдем площадь контакта мономеров белка.
   
   
   
   
   
   
   Таким образом, площадь контактов мономера белка - 2518.17 A2.
   
   
   На гидрофобные взаимодействия приходится 44.23 % площади взаимодействия.
   
   
   
   
    Пользуясь сервисом  CluD, определим гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров все того же белка объемом не менее 10 атомов.
   
   Список кластеров.
   
   
   
   Изображение поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной модели мономера.
   
   
   
   
   
   Видно, что гидрофобных кластеров 6.
   
   
   
   
    На сервисе pDomains определим доменную структуру:
   
   а) одной из цепей белка 1OYW; 
   
   
   
   Видно, что все методы однозначно определили 3 домена цепи А в структуре.
   
   
   
   
   
   
      
    б) цепи белка 2PUG.
   
   
   
   
   Наиболее адекватным мне кажется разделение данной структуры на 3 домена. 
   
   Посмотрев на изображение, я сделала вывод, что в данном случае метод "cath" дает наиболее правильные результаты:
   
   
   
   
   
   
   
   Но здесь довольно интересная ситуация. Получается, что два домена построены из двух, расположенных друг от друга на дальнем расстоянии, участков.