Занятие 1.

1.Поработаем в PyMOL с записью 1LMP банка PDB
Выберем мутацию, которая приведет к потере связывания с лигандом (Asn 103).


Сделала мутацию аспарагина на аланин (Ala 103)

2.Используя команды mset, mview, super, translate создадим анимационный ролик, где происходит совмещение белков и показывается место мутации.
mov.pse

3.Создадим поли-аланиновую последовательность в форме валентинки. Для изменения формы используем режим Editing и манипулируем торсионными углами.

4.Напишите скрипт для построения поли-аланиновой альфа спирали длинной 100 аминкислот.

frag ala
python
for x in range(2,100):
	cmd.edit("/ala///"+str(x)+"/c")
	editor.attach_amino_acid("pk1","ala")
for x in range(3,100):
	cmd.edit("/ala///"+str(x)+"/N","/ala///"+str(x)+"/CA")
	cmd.torsion (82)
	cmd.edit("/ala///"+str(x-1)+"/CA","/ala///"+str(x-1)+"/C")
	cmd.torsion (178)	
python end