Занятие 6.

Исследование доменной структуры конкретного белка

Экспортировала в формате msf выравнивание-затравку (seed) для N-концевого домена Peptidase_S11 заданного белка DACA_ECOLI


в формате msf.

Сопоставьте доменную структуру с 3D структурой заданного белка

Получила изображение 3D-структуры заданного белка (PDB id - 1hd8), в котором цветом выделены отдельные домены в последовательности:

Домены Pfam соответствуют отдельным компактным частям структуры (структурным доменам).
Но не полно совпадение домена, обозначенного зеленым, со структурным доменом (несовпадение- серым).

Исследование эволюции отдельных доменов

Опишем, как часто и в каких организмах встречаются домены заданного белка

Откроем страничку Pfam с доменной структурой заданного белка. Щелчок по изображению конкретного домена откроет страничку с его описанием. Запишем в отчет, в организмах скольких видов встречаются белки с каждым из доменов заданного белка. Выберем один из доменов и откроем таксономическое дерево PFAM. По данным для выбранного домена заполним следующую табличку.

Представленность домена PF00768 в организмах разных видов

Таксон		Количество белков с доменом PF00768.
Эукариоты	Зеленые растения(Viridiplantae)	0
	Грибы(Fungi)	0
	Животные(Metazoa)	0
	Остальные эукариоты	29
Бактерии		3364
Археи		0

Таким образом, данный домен наибольшее распространение получил в Бактериях.

Приведите не менее 3-х примеров разных доменных перестроек

Исходная картинка:


1)PF00768(Peptidase_S11)
Домен PF00768(Peptidase_S11) встречается в сочетании с разными доменами (CW_binding_1,AMIN) (рис. 1 и 3), причем бывает и дупликация домена (рис. 2).



2)Домен PF07943(PBP5_C)встречается в сочетании с разными доменами (YkuD,RmuC,UvrD-helicase)(рис. 1,2 и 3) и бывают разрывы в последовательности домена.