Семестр 4. Блок 1:   Практикум 1    Практикум 2    Практикум 3.

Бутстреп-анализ. Визуализация дерева

Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа

fseqboot all.fasta -auto
fdnaml

Консенсусное дерево

CONSENSUS TREE:
the numbers on the branches indicate the number
of times the partition of the species into the two sets
which are separated by that branch occurred
among the trees, out of 100.00 trees

                       +------E
                +-87.0-|
         +-90.0-|      +------F
         |      |
  +------|      +-------------D
  |      |
  |      |             +------A
  |      +--------55.0-|
  |                    +------B
  |
  +---------------------------C


  remember: this is an unrooted tree!

Консенсусное дерево неукорененное. Топология консенсусного дерева соответствует исходному дереву, при этом трихотомии и т.п. нет.

Бутстреп значения строятся для ветвей, идущих к внутренним узлам (не к листьям). и обозначают количество раз, которое данная ветвь встречается в деревьях, построенных по выравниваниям, полученным при случайной выборке с повторениями такого количества позиций выравнивания исходных последовательностей, что и в исходном выравнивании.

Также заметно, что бутстреп-значения не коррелируют с эволюционным расстоянием (например, от AB до остальных дальше, чем от ABC до остальных, а бутстреп-значения соответствующих ребер меньше).

Выходной файл:

Consensus tree program, version 3.6b

Species in order: 

  1. C
  2. D
  3. F
  4. E
  5. B
  6. A


Sets included in the consensus tree

Set (species in order)     How many times out of  100.00

.***..                     90.00
..**..                     87.00
....**                     55.00


Sets NOT included in consensus tree:

Set (species in order)     How many times out of  100.00

.****.                     30.00
.***.*                     13.00
.**...                     12.00
..****                     10.00
..*..*                      1.00
..***.                      1.00
...**.                      1.00


Extended majority rule consensus tree

CONSENSUS TREE:
the numbers on the branches indicate the number
of times the partition of the species into the two sets
which are separated by that branch occurred
among the trees, out of 100.00 trees

                       +------E
                +-87.0-|
         +-90.0-|      +------F
         |      |
  +------|      +-------------D
  |      |
  |      |             +------A
  |      +--------55.0-|
  |                    +------B
  |
  +---------------------------C


  remember: this is an unrooted tree!

Изображение исходного дерева

Программа fdrawtree строит (по умолчаниию) по скобочной формуле неукорененное круговое дерево.