Занятие 12. Семейства доменов

Обязательные задания

Задание 1. Описание доменной организации белка PURA_ECOLI при помощи базы данных Pfam.

Доменная организация белка PURA_Ecoli

• Картинка со схематическим изображением доменной структуры PURA_Ecoli:
• Картинка с доменами, отмеченными на пространственной структуре PURA_Ecoli:
  Зеленым цветом отмечен домен - как видно, она занимает почти весь белок, кроме самых краев (они отмечены серым цветом). Шариками отмечены лиганды.
  
  
• Табличка "Домены в последовательности PURA_Ecoli":
  
  

  Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности хххх_Ecoli
  PF00709	1ADE	аденилосуккцинатсинтетаза	4-425

Описание N-концевого домена белка xxxx_Ecoli

• Краткая характеристика домена PF00709
  
  Аденилосуккцинатсинтетаза играет важную роль в биосинтезе пуринов, а именно в GTP (гуанозин трифосфат)-зависимом синтезе AMP (аденозина монофосфата) из аспарагиновой кислоты и IMP (инозина монофосфата). Еще конкретнее - фермент превращает IMP в аденилосукцинат, это начальная стадия синтеза. Домен характеризуется высокой распространенностью - от Escherichia coli до позвоночных животных. В позвоночных животных существуют два изоэнзима - один включен в биосинтез пуринов, другой - в пуриново-нуклеотидный цикл.
  
  Крисстализованная структура Аденилосуккцинатсинтетазы из E. coli показывает, что основной структурный элемент каждого мономера из гомодимера - это центральный бета-лист из 10 тяжей. Первый 9 тяжей взаимно параллельны правозакрученной структуре, связующей тяжи. Десятый тяж антипараллелен дявяти. Кроме того, фермент содержит три пары антипараллельных бета-тяжей и 11 альфа-спиралей.
  
  
• Табличка "Организмы, в которых найдены белки с доменами PF00709"
  
  

  Таксон		Количество белков с доменом PF00709
  Эукариоты	Растения	13
  	Грибы	23
  	Животные	33
  Бактерии		581
  Археи		37

  
  
• Краткие ответы на следующие вопросы:
  • Сколько всего известно белков с доменами PF00709?
    
    Ответ: 705 белков
    
    
  • Что бывает чаще: домен PF00709 — единственный домен в белке, или же этот домен обычно встречается в белках в сочетании с другими доменами?
    
    Ответ: домен всегда находится один в белке (точнее сказать, один в мономере). Это свидетельствует о том, что случаев дупликации или перестановки двух доменов местами в пределах мономера не зафиксировано. А димер, как мне кажется, изначально вполне мог появиться в результате дупликации.
    
    

Упражнение 2. Мотивы в аминокислотной последовательности PURA_Ecoli по данным БД InterPro

• Картинка с изображением всех подписей в белке PURA_ECOLI:
  
  
  
• Табличка "Мотивы в белке PURA_Ecoli по данным БД InterPro":
  
  

  Название подписи	Положение в последовательности PURA_Ecoli	Полное название базы данных	* Название организации, поддерживающей данную БД.	* Город и страна
  Asucc_synthtase	3 - 82	ProDom	Universite Claude Bernard	Виллербан, Франция
  Adenylsucc_synt	4 - 425	Pham	Wellcome Trust Sanger Institute	Кембридж, Англия
  ADENYLOSUCCIN_SYN_2	133 - 144	PROSITE	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева
  ADENYLOSUCCIN_SYN_1	11 - 18	PROSITE	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева
  Asucc_synthtase	1 - 430	PANTHER	National Institute of General Medical Sciences	США
  Adenylsucc_synt	4 - 425	SMART		США
  purA	6 - 431	TIGRFAMs	The Institute for Genomic Research	Роквиль, США
  G3DSA:3.40.440.10	5 - 266	CATH Protein Structure Classification	Rutgers University	Нью-Джерси, США
  G3DSA:3.90.170.10	267 - 432	CATH Protein Structure Classification	Rutgers University	Нью-Джерси, США
  SSF52540	1 - 426	SuperFamily	University of Bristol	Бристоль,Англия