Занятие 3

Видовое дерево

Дерево, построенное N-J, укорененное в среднюю точку

Укоренение в среднюю точку оказалось не правильным - в ветвь {LACAC, STRPN} против {PEDPA, CLOTE, LISMO, GEOKA, BACAN, STAES}, которой не существует (эта ветвь встречается и в прочих деревьях - см. далее).

Почему нельзя укоренить в среднюю точку деревья, построенные методом максимальной экономии?
Для укоренения в среднюю точку нужна эта средняя точка, т.е. расстояния. В методе максимальной экономии не используется гипотеза молекулярных часов, т.е. расстояния не считаются.

Почему не имеет смысла укоренять в среднюю точку дерево, построенное методом UPGMA?
Алгоритм UPGMA строит уже укоренненое дерево.

Дерево, построенное максимальной экономией с внешней группой

Алгоритм максимальной экономии оказался хуже, чем N-J - отсутствует уже 3 верных ветви.
Однако, благодаря внешней группе, укоренение получилось в верную ветвь {CLOTE} против {PEDPA, LACAC, STRPN, LISMO, GEOKA, BACAN, STAES}.

Дерево, построенное с помощью бутстрэп-анализа

                                  +-------BACAN
                          +--90.5-|
                          |       +-------GEOKA
                  +--38.7-|
                  |       |       +-------CLOTE
          +--67.2-|       +--32.8-|
          |       |               +-------STAES
          |       |
  +-------|       +-----------------------LISMO
  |       |
  |       |                       +-------LACAC
  |       +-----------------100.0-|
  |                               +-------STRPN
  |
  +---------------------------------------PEDPA

Удивительно, но в 100% случаев присутствует ветвь {STRPN, LACAC}:{PEDPA, BACAN, GEOKA, LISMO, STAES, CLOTE}, которая была и в дереве, построенном N-J.
Но эта ветвь в настоящем дереве отсутствует!
Вообще, в итоговом дереве - ветвь, подтвержденная в 67.2% случаев - оказалась верна, а меньше, чем в 50% - неверны.
2 верных ветви оказались не включены в результирующее дерево.
Полученное дерево ничем не отличается от дерева, построенного fprotpars. Улучшить результат не удалось, так и осталось лишь 2 верных ветви из 5.

Species in order: 

  1. PEDPA
  2. LISMO
  3. BACAN
  4. GEOKA
  5. STAES
  6. CLOTE
  7. STRPN
  8. LACAC

Sets included in the consensus tree

Set (species in order)     How many times out of  100.00

......**                   100.00
..**....                   90.50
.*****..                   67.17
..****..                   38.67
....**..                   32.83


Sets NOT included in consensus tree:

Set (species in order)     How many times out of  100.00

.****...                   38.33
.****.**                   30.83
..***...                   28.83
.***....                   20.50
.*...*..                   13.50
.***.*..                   11.50
.*..**..                    8.50
.*....**                    3.50
.*.*....                    3.00
..*.**..                    3.00
.*.*.*..                    2.00
.***..**                    1.50
..**.*..                    1.33
.*..*.**                    1.00
.**..*..                    1.00
.....***                    1.00
.**.*.**                    0.50
....****                    0.50
..******                    0.50