Занятие 1
-
Структура 1G6C исследуемого белка построена с разрешением 1.4 ангстрема.
Уровни электронной плотности для аминокислот внутри белка.
Отсечения электронной плотности по трем уровням: 1.0 (пурпурный), 2.0 (белый) и 3.0 (желтый) на одном рисунке, а.о. A/55-59.
Тривиальный вывод, соответствующий определению: чем больше значение порога, тем меньше объем под поверхностью уровня электронной плотности.Уровни электронной плотности для аминокислот на поверхности белка.
Отсечения электронной плотности по трем уровням: 1.0 (пурпурный), 2.0 (белый) и 3.0 (желтый) на одном рисунке, а.о. B/1215-1216.
Вывод после сравнения рисунков: для аминокислотных остатков на поверхности белка электронная плотность более размыта. Подобное размывание встречается в основном для остатков, которые в конечной структуре были определены как отстоящие от глобулы, а не прилегающие к ее поверхности. В основном, это оказались заряженные аминокислотные остатки (как положительно, так и отрицательно). Возможно, это размытие вызвано действительно большей подвижностью этих аминокислотных остатков или просто размытием их заряда по гидратной оболочке остатка.
Вывод общий: там, где электронная плотность достаточно "концентрирована" - положение атомов в модели совпадает с расположением сгущений электронной плотности в пространстве. Там, где электронная плотность более размыта, - наблюдается расхождение в плотности и определенных координатах атомов.