Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в SwissProt.
Параметры программы blastp:
- Учета особенностей аминокислотного состава нет (Compositional adjustments).
- Фильтрование областей низкой сложности есть (Low complexity).
- Максимальное значение E-value: 10.
- Максимальное число находок: 1000.
Параметры лучших находок из бактерий и животных.
| |
Кол-во |
E-value лучшей находки |
Название лучшей находки (ID ) |
Процент идентичности |
Длина выравнивания |
| Всего находок |
117 |
5*10-82 |
LGB1_LUPLU |
100% |
154 |
| В бактериях (Bacteria) |
36 |
1*10-6 |
HMP_RHIME |
29% |
117 |
| В Escherichia coli K-12 |
нет |
- |
- |
- |
- |
| В животных(Metazoa) |
26 |
2*10-6 |
NGB_BRARE |
25% |
141 |
| В человеке |
3 |
5,8 |
CRNL1_HUMAN |
28% |
78 |
Для кишечной палочки
гомологов не обнаружено,
но есть три
гомолога для человека.
Итерактивный поиск
гомологов LGB1_LUPLU(P02239) в SwissProt
с помощью PSI-BLAST.
Параметры программы PSI-blastp:
- Нет учета особенностей аминокислотного состава
(Compositional adjustments).
- Фильтрование областей низкой сложности есть
(Low complexity).
- Максимальное значение E-value: 10.
- Максимальное число находок: 1000.
Результаты поиска.
| |
Бактерии
|
Животные
|
Характеристика лучшей находки среди белков
|
| |
Escherichia coli, K-12
|
Homo sapiens sapiens
|
|
|
Количество
|
Новые |
Количество |
Новые
|
Название
|
E-value
|
Идентичность
|
Длина выравнивания
|
Название
|
E-value
|
Идентичность
|
Длина выравнивания
|
|
1
|
21(36) |
+21 |
5(26) |
+5 |
нет |
CRNL1_HUMAN |
5,8 |
28% |
78 а.о. |
|
2
|
38(53) |
+17 |
94(298) |
+81 |
HMP_ECOLI |
1*10-29 |
20% |
148 а.о. |
NGB_HUMAN |
2*10-19 |
21% |
143 а.о. |
|
3
|
38(62) |
– |
874(890) |
+802 |
HMP_ECOLI |
7*10-28 |
20% |
148 а.о. |
HBG2_HUMAN |
8*10-45 |
18% |
150 а.о. |
|
4
|
|
|
887(896) |
+6 |
HMP_ECOLI |
8*10-23 |
20% |
143 а.о. |
HBE_HUMAN |
7*10-54 |
17% |
154 а.о. |
|
5
|
|
|
885(893) |
– |
HMP_ECOLI |
2*10-22 |
19% |
143 а.о. |
HBE_HUMAN |
5*10-54 |
17% |
154 а.о. |
Лучше использовать Psi-Blast для
поиска далеких гомологов. К примеру BLATSp
нашел только 3 гомолога белка LGB1_LUPLU для человека,
а Psi-Blast целых 9 после 5 итерации,
причем E-value было намного меньше.
1-я итерация сходна с тем, что делает BLASTp. Удобно по результатам
1-й итерации сразу вычленять те последовательности, которые нужны.
В результате второго упражнения нашлось гигантское число
гомологов.
Причем это точно гомологи, ибо они все переносят кислород.
Каждая итерация дает нам как результат отличное от предыдущего количество находок,
возможно выдавание лучшей находки с наименьшим e-value.
После получения выравниваний как результат создается новый профиль. В
нем, используя уже полученные выравнивания, корректируются
веса, что дает какие-то бонусы для некоторых последовательностей, что и дает им возможность оказаться в рассматриваемом выравнивании.
|