Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~colin_kondr/term4/trees.html
Дата изменения: Tue May 22 16:48:36 2012
Дата индексирования: Tue Oct 2 11:58:46 2012
Кодировка: Windows-1251
Что такое филогенетическое дерево.

Что такое филогенетическое дерево.

Отобранные бактерии.

НазваниеМнемоника
Bacillus anthracisBACAN
Clostridium botulinumCLOB1
Clostridium tetaniCLOTE
Listeria monocytogenesLISMO
Staphylococcus aureusSTAA1
Staphylococcus epidermidisSTAES
Streptococcus pyogenesSTRP1
Streptococcus pneumoniaeSTRPN

Скобочная формула дерева.

((((BACAN,LISMO),(STAA1,STAES)),(STRP1,STRPN)),(CLOB1,CLOTE));

Изображение дерева.

Ветви дерева.

Дерево содержит пять нетривиальных ветвей:
1) {BACAN, LISMO} против {STAA1, STAES, STRP1, STRPN, CLOB1, CLOTE}

2) {STAA1, STAES} против {BACAN, LISMO, STRP1, STRPN, CLOB1, CLOTE}

3) {STRP1, STRPN} против {BACAN, LISMO, STAA1, STAES, CLOB1, CLOTE}

4) {CLOB1, CLOTE} против {BACAN, LISMO, STRP1, STRPN, STAA1, STAES}

5) {BACAN, LISMO, STAA1, STAES} против {STRP1, STRPN, CLOB1, CLOTE}

Таксономия.

БактерияТаксономическое положение
Bacillus anthracis cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group
Clostridium botulinumcellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Clostridium tetanicellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Listeria monocytogenescellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria
Staphylococcus aureuscellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Staphylococcus epidermidiscellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Streptococcus pyogenescellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus
Streptococcus pneumoniaecellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus

Нумерация соответствующих веток совпадает с отделяемой таксономической группой:
1)-
2)Staphylococcaceae
3)Lactobacillales
4)Clostridia
5)Bacillales

Дерево, полученное программой fprotpars.


((((RS2_STAES,RS2_STAA1),(RS2_LISMO,(RS2_BACAN,(RS2_CLOTE,RS2_CLOB1)))),RS2_STRPN),RS2_STRP1);
В новом дереве отсутствуют ветви:
1) {BACAN, LISMO} против {STAA1, STAES, STRP1, STRPN, CLOB1, CLOTE}

5) {BACAN, LISMO, STAA1, STAES} против {STRP1, STRPN, CLOB1, CLOTE}

В свою очередь, появились:
{RS2_LISMO,RS2_BACAN,RS2_CLOTE,RS2_CLOB1}vs{RS2_STAES,RS2_STAA1,RS2_STRPN,RS2_STRP1}
{RS2_BACAN,RS2_CLOTE,RS2_CLOB1}vs{RS2_LISMO,RS2_STAES,RS2_STAA1,RS2_STRPN,RS2_STRP1}

Расстояния.

     8
RS2_STRP1   0.000000  0.075487  0.484429  0.459839  0.482920  0.537403
  0.370008  0.392211
RS2_STRPN   0.075487  0.000000  0.457272  0.430256  0.496219  0.556718
  0.372432  0.404003
RS2_CLOB1   0.484429  0.457272  0.000000  0.134211  0.377161  0.377525
  0.368583  0.394079
RS2_CLOTE   0.459839  0.430256  0.134211  0.000000  0.399376  0.392291
  0.352891  0.360844
RS2_STAA1   0.482920  0.496219  0.377161  0.399376  0.000000  0.059156
  0.264875  0.305044
RS2_STAES   0.537403  0.556718  0.377525  0.392291  0.059156  0.000000
  0.242151  0.335770
RS2_BACAN   0.370008  0.372432  0.368583  0.352891  0.264875  0.242151
  0.000000  0.184069
RS2_LISMO   0.392211  0.404003  0.394079  0.360844  0.305044  0.335770
  0.184069  0.000000

Отклонения от ультраметричности:
1) d(RS2_BACAN,RS2_CLOB1)-d(RS2_BACAN,RS2_CLOTE)=0,015692
2) d(RS2_STAA1,RS2_STRP1)-d(RS2_STAA1,RS2_STRPN)=-0,013299
Отклонение от аддитивности:
d(BACAN,LISMO)+d(STAA1,STAES)=0.184069+0.059156=0.243225
d(BACAN,STAA1)+d(LISMO,STAES)=0.264875+0.335770=0.600645
d(BACAN,STAES)+d(LISMO,STAA1)=0.242151+0.305044=0.547195
Последние две суммы НЕ равны между собой и больше первой.

fneighbor.


Неукорененное дерево совпадает с правильным. Алгоритм UPGMA дал неверное укоренение дерева.
© Nikolay Kondratev