Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~da_shal/docs/protocol2.doc Дата изменения: Tue Feb 26 21:54:33 2008 Дата индексирования: Tue Oct 2 10:04:09 2012 Кодировка: koi8-r

Занятие 2. Поисковые системы
1)
Имя белка ybeY_ECOLI
MRS http://mrs.genebee.msu.su/mrs-3/
SRS http://srs.ebi.ac.uk/
Expasy http://www.expasy.ch/
В целом, все дружественные записи представляют одну и ту же информацию.
Отличия состоят в некоторых особенностях оформления. Во-первых, с чисто
эстетической точки зрения, не очень приятна страница Expasy, хотя очень
четко разделены на группы все характеристики белка, очень яркие цвета, и
практически найти что-либо трудно. Удобно, что каждое сокращение в начале
строки - ссылка на свою расшифровку с подробным объяснением. MRS Отличается
очень приятным оформлением, удобное разделение информации о белке на группы
и подгруппы, очень удобно организована информация о публикациях. Очень
много указаний идентификаторов белка в разных базах данных, но не более 20%
из них являются ссылками. А вот со страницы SRS можно перейти на описание
белка во всех указанных базах данных, что, несомненно, может быть очень
полезным. Кроме этого, можно выбрать вид предоставления последоваьтельности
белка, в том числе и fasta.
О содержании графы «особенности белка»
MRS
[pic]
Описываются элементы вторичной структуры (strand и helix), остатки
гистидина, взаимодействующие с ионом цинка. При наведении на строку
курсора, соответствующие аминокислоты подчеркиваются, если на строку
кликнуть - соответствующие элементы и сама строка выделятся желтым для
каждого элемента, в том числе и для всей цепи указана его длина.
SRS
[pic]
Кроме перечисления тех же элементов, эта страница седержит графическое
изображение того, как эти элементы взаимно расположены в цепи (что за чем
идет) и схожие элементы выделены одним цветом. Имена элементов - ссылки на
страницы, содержащие описание этих элементов в таком виде:
ID YBEY_ECOLI_7; parent: YBEY_ECOLI
FT HELIX 21 29
SQ Sequence 9 AA;
ESQFQTWLN
//
Expasy[pic]
Кроме той же информации, что и на других сайтах, здесь есть ссылка на
Feature table viewer, страницу, на которой можно на схеме посмотреть как
взаимное расположение элементов, так и «увеличить» эту схему так, чтобы
посмотреть аминокислотные последовательности. Но из имеющихся структур на
этой схеме отражаются только гистидины, контачащие с кофактором, а
элементы вторичной структуры не отражаются. Также, перейдя по
соответствующей ссылке, можно получить информацию в виде последовательности
АК с выделенным тем или иным участком, причем как в однобуквенной, так и в
трехбуквенной форме.


.2) В SRS найдите страницу с описанием поля "Taxonomy" банка SwissProt:
Пользуйясь возможностями, предоставляемыми этой страницей, ответьте на
вопросы (ответы внесите в протокол):
. Названия каких таксонов начинаются на "gam"?
gammaridea
gammaherpesvirinae
gammaretrovirus
gammaproteobacteria
gammaproteobacteria
gambusia
. Каков английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии"?
Gammaproteobacteria
. Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из гамма-
протеобактерий?
69989
3) Пользуясь SRS, составьте несколько запросов к банку SwissProt,
призванных найти белки гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с
функцией Вашего белка. Заполните таблицу:
|Формулировка функции|Строка запроса |Количество найденных |
|белка | |документов |
|Putative&metalloprot|([swissprot-Taxonomy:Gammap|126 |
|ease |roteobacteria*] & | |
| |([swissprot-Description:Put| |
| |ative*] & | |
| |[swissprot-Description:meta| |
| |lloprotease*])) | |
|putative |([swissprot-Taxonomy:Gammap|1477 |
| |roteobacteria*] & | |
| |[swissprot-Description:Puta| |
| |tive*]) | |
|metalloprotease |([swissprot-Taxonomy:Gammap|140 |
| |roteobacteria*] & | |
| |[swissprot-Description:meta| |
| |lloprotease*]) | |
|EC 3.4.24.- |([swissprot-Taxonomy:Gammap|1 |
| |roteobacteria*] & | |
| |(([swissprot-Description:EC| |
| |*] & | |
| |[swissprot-Description:3.4.| |
| |24.-*]) | | |
| |[swissprot-Description:EC | |
| |3.4.24.-*])) | |


Результаты поиска сохраняем так:
На странице с результатами нажимаем кнопку SAVE в графе "save results",
далее выбираем
Output To: File (text)
Save As: ASCII text/table
Save with view: Fasta2Seqs

Результат по первому запросу сохранен в файле «wgetz.fasta», по
последнему - «wgetz(2).fasta».



Дополнительные задания

1)Найдите статьи последних двух-трёх лет, в аннотациях которых
упоминается Ваш белок. В протоколе приведите строку запроса и количество
найденных статей.
((([medline-Year#2007:2007] | [medline-Year#2006:2006]) | [medline-
Year#2005:2005]) & [medline-Title:ybeY*])
Количество статей - 1, та самая статья, которая упоминалась в протоколе
первого занятия.
2)Сколько в MEDLINE статей, опубликованных в 1970-е годы, среди
авторов которых имеется А.А.Нейфах? Каков был круг интересов указанного
автора?
Чтобы создать запрос, пришлось сначала поискать всех авторов,
публиковавшихся в это время на букву N а из них выбрать, наиболее
подходящую фамилию. Если учесть, что темы публикаций совпадают с
информацией, найденной в Интернете, фамилию, надо думать, я выбрала
правильно. Проблема возникла с указанием даты публикации. Если указывать
промежуток 1970:1980 в графе PubDate запрос не выполняется. Возможно, в
этой графе необходимо указать дану в формате день-месяц-год, или даже
только день и месяц (с учетом существования поля year). Поскольку в
описании поля на этот счет ничего не сказано, в моем запросе временной
промежуток указывался в поле «год»

([medline-Year#1970:1980] & [medline-Authors:ney*,a.a.*])

найдено 9 документов
Среди тем:
. миграция ново синтезированной РНК во время митоза, на примере
эмбриональных клеток гольца (это рыба) и фибробластов
китайского хомячка (2 публикации)
. ступени реализации генетической информации на ранних стадиях
развития
. открытие способа контроля нуклеиновыми кислотами синтеза белков
на ранних стадиях развития в клетках гольца и ежа
. миграция ново синтезированной РНК во время митоза: ядерная РНК в
цитоплазме метафазной клетки; содержание меченной РНК в ядре до
и после митоза в клетках амебы Amoeba proteus (еще две статьи на
ту же тему)
. время функционирования генов, контролирующих альдолазную
активность при развитии эмбриона гольца

сайт www.biografija.ru предоставил следующую информацию:


Нейфах Александр Александрович

Заведующий лабораторией биохимической эмбриологии Института биологии
развития РАН с 1967 г.; родился 2 мая 1926 г.; участник Великой
Отечественной войны; окончил МГУ в 1948 г., доктор биологических наук,
профессор; с 1954 г. работает в Институте биологии развития РАН; основные
направления научной деятельности: ядерно-цитоплазматические отношения в
раннем развитии, генетический контроль синтеза белков в эмбриогенезе,
радиационная инактивация ядер в развитии, генетика скорости эмбриогенеза;
академик РАЕН; член Хельсинской группы по защите прав человека.