Третий семестр

Занятие 2. Банк EMBL

Сравнение разных записей в EMBL

Идентификатор записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Дата создания документа	Описание	Длина последовательности
M11843	геномная ДНК	стандартные	прокариоты	18-ноябрь-1986	Escherichia coli histidine-tRNA synthetase (hisS), complete cds	1679
AP009048	геномная ДНК	стандартные	прокариоты	22-январь-2006	Escherichia coli W3110 DNA, complete genome	4646332
U00096	геномная ДНК	стандартные	прокариоты	23-февраль-2006	Escherichia coli K12 MG1655, complete genome.	4639675

Все записи относятся к стандартному классу данных. Одна из последовательностей ДНК была создана давно - в 1986 году - и является записью кода только для одного белка, поэтому короткая. Две другие записи - полные геномы, они соответственно, длиннее, чем ген белка, но разной длины. Записи созданы в 2006 году почти в одно время. Последовательность, кодирующая белок SYH_ECOLI, не отличается от последовательности полного гена (идентичность 100%).

Выравнивание

Program: needle
Rundate: Wed 19 Sep 2007 08:29:59
Commandline: needle
   [-asequence] SYH_ECOLI_gene1.fasta
   [-bsequence] SYH_ECOLI_gene2.fasta
   [-outfile] gene1-gene2.needle
   -auto
Align_format: srspair
Report_file: gene1-gene2.needle

=======================================

Aligned_sequences: 2
1: M11843
2: U00096
Matrix: EDNAFULL
Gap_penalty: 10.0
Extend_penalty: 0.5

Length: 1275
Identity:    1275/1275 (100.0%)
Similarity:  1275/1275 (100.0%)
Gaps:           0/1275 ( 0.0%)
Score: 6375.0


=======================================

M11843             1 gtggcaaaaaacattcaagccattcgcggcatgaacgattacctgcctgg     50
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096             1 gtggcaaaaaacattcaagccattcgcggcatgaacgattacctgcctgg     50

M11843            51 cgaaacggccatctggcagcgcattgaaggcacactgaaaaacgtgctcg    100
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096            51 cgaaacggccatctggcagcgcattgaaggcacactgaaaaacgtgctcg    100

M11843           101 gcagctacggttacagtgaaatccgcttgccgattgtagagcagaccccg    150
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           101 gcagctacggttacagtgaaatccgcttgccgattgtagagcagaccccg    150

M11843           151 ctattcaaacgtgcgattggtgaagtcaccgacgtggttgaaaaagagat    200
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           151 ctattcaaacgtgcgattggtgaagtcaccgacgtggttgaaaaagagat    200

M11843           201 gtacacctttgaggatcgcaatggcgacagcctgactctgcgccctgaag    250
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           201 gtacacctttgaggatcgcaatggcgacagcctgactctgcgccctgaag    250

M11843           251 ggacggcgggctgtgtacgcgccggcatcgagcatggtcttctgtacaat    300
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           251 ggacggcgggctgtgtacgcgccggcatcgagcatggtcttctgtacaat    300

M11843           301 caggaacagcgtctgtggtatatcgggccgatgttccgtcacgagcgtcc    350
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           301 caggaacagcgtctgtggtatatcgggccgatgttccgtcacgagcgtcc    350

M11843           351 gcagaaagggcgttatcgtcagttccatcagttgggctgcgaagttttcg    400
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           351 gcagaaagggcgttatcgtcagttccatcagttgggctgcgaagttttcg    400

M11843           401 gtctgcaaggtccggatatcgacgctgaactgattatgctcactgcccgc    450
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           401 gtctgcaaggtccggatatcgacgctgaactgattatgctcactgcccgc    450

M11843           451 tggtggcgcgcgctgggtatttccgagcacgtaactcttgagctgaactc    500
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           451 tggtggcgcgcgctgggtatttccgagcacgtaactcttgagctgaactc    500

M11843           501 tatcggttcgctggaagcacgcgccaattaccgcgatgcgctggtggcat    550
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           501 tatcggttcgctggaagcacgcgccaattaccgcgatgcgctggtggcat    550

M11843           551 tccttgagcagcataaagaaaagctggacgaagactgcaaacgccgcatg    600
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           551 tccttgagcagcataaagaaaagctggacgaagactgcaaacgccgcatg    600

M11843           601 tacactaacccgctgcgcgtgctggattcaaaaaatccggaagtgcaggc    650
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           601 tacactaacccgctgcgcgtgctggattcaaaaaatccggaagtgcaggc    650

M11843           651 gcttctcaacgacgctccggcattaggtgactatctggacgaggaatctc    700
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           651 gcttctcaacgacgctccggcattaggtgactatctggacgaggaatctc    700

M11843           701 gtgagcattttgccggtctgtgcaaactgctggagagcgcggggatcgct    750
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           701 gtgagcattttgccggtctgtgcaaactgctggagagcgcggggatcgct    750

M11843           751 tacaccgtaaaccagcgtctggtgcgtggtctggattactacaaccgtac    800
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           751 tacaccgtaaaccagcgtctggtgcgtggtctggattactacaaccgtac    800

M11843           801 cgttttcgagtgggtgactaacagtctcggctcccagggcaccgtgtgtg    850
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           801 cgttttcgagtgggtgactaacagtctcggctcccagggcaccgtgtgtg    850

M11843           851 caggcggtcgttatgacggtcttgtggaacaactgggcggtcgtgcaaca    900
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           851 caggcggtcgttatgacggtcttgtggaacaactgggcggtcgtgcaaca    900

M11843           901 ccggctgtcggttttgctatgggcctcgaacgtcttgtattgttagtaca    950
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           901 ccggctgtcggttttgctatgggcctcgaacgtcttgtattgttagtaca    950

M11843           951 ggccgttaatccggaatttaaagccgatcctgttgtcgatatatacctgg   1000
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096           951 ggccgttaatccggaatttaaagccgatcctgttgtcgatatatacctgg   1000

M11843          1001 tggcttcaggtgctgatacacaatctgcggctatggcattagctgagcgt   1050
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096          1001 tggcttcaggtgctgatacacaatctgcggctatggcattagctgagcgt   1050

M11843          1051 ctgcgtgatgaattaccgggcgtgaaattgatgaccaaccacggcggcgg   1100
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096          1051 ctgcgtgatgaattaccgggcgtgaaattgatgaccaaccacggcggcgg   1100

M11843          1101 caactttaagaaacagtttgcccgtgctgataaatggggtgcccgcgttg   1150
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096          1101 caactttaagaaacagtttgcccgtgctgataaatggggtgcccgcgttg   1150

M11843          1151 ctgtggtgctgggtgagtctgaagtggctaacggcacagcagtagtgaag   1200
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096          1151 ctgtggtgctgggtgagtctgaagtggctaacggcacagcagtagtgaag   1200

M11843          1201 gatttgcgctctggtgagcaaacggcagttgcgcaggatagcgtagccgc   1250
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U00096          1201 gatttgcgctctggtgagcaaacggcagttgcgcaggatagcgtagccgc   1250

M11843          1251 gcatttgcgcacgttactgggttaa   1275
                     |||||||||||||||||||||||||
U00096          1251 gcatttgcgcacgttactgggttaa   1275

Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

Последовательности, кодирующие белок SYH_ECOLI в двух записях банка EMBL

Знакомство с записью гена из эукариотического генома

Рассмотрим следующую запись: область Х хромосомы человека от гена филамина до глюкоза-6-фосфат-дегидрогеназа кодирующего гена. AC L44140, геномная ДНК, стандартный класс данных. Ген XAP-5.

--[116240..116340]--...--[116844..116989]--...--[118913..118989]--.

..--[119119..119185]--...--[119322..119383]--...--[119650..119726]--.

..--[120110..120164]--...--[120312..120360]--...--[120458..120528]--.

..--[120638..120748]--...--[120853..121077]-->

• 11 экзонов

На главную