Характеристики PDB-файла; биологические единицы

Технические характеристики моей записи PDB (1i78.pdb)

Разрешение	2.6 Å
Число рефлексов	27389
Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного)	94.2
R-фактор	0.238
Свободный R-фактор	0.280
Количество рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора	1407
Процент рефлексов, использованных для вычисления свободного R-фактора (не указан в файле, рассчитан самостоятельно)	5.1
Кристаллографическая группа и тип симметрии (P, I, ...)	P 32 2 1
Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решетки)	98.389 98.389 165.695
Ортогональны ли базисные периоды?	Нет. c ортогонален a и b, а угол γ (между a и b) равен 120.
Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB)?	Да
Совпадает ли биологическая единица с ассимметрической единицей, записанной в файле? Если нет, то в чем разница?	Не совпадает. Ассиметрическая единица содержит две биологические единицы в разных конформациях.
Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? Если да, то приведите пример	Нет.

Вычисление относительных координат одного из Сα-атомов своего белка

Матрица и вектор преобразования:

SCALE1      0.010164  0.005868  0.000000        0.00000                         
SCALE2      0.000000  0.011736  0.000000        0.00000                         
SCALE3      0.000000  0.000000  0.006035        0.00000

Возьмем первый необходимый атом:

ATOM      2  CA  SER A   1      27.507  25.361  27.325  1.00109.49           C  

Относительные координаты cчитаются умножением матрицы на координаты с последующим прибавлением вектора:   0.4284   0.2976   0.1649.

Биологическая единица по записи PDB 1jfs.pdb

На сервере PDBe были получены и файл записи банка (с ассиметической единцией), и файл с биологической единицей (1jfs_as.pdb).

Ассиметрическая единица

Биологическая единица

Анализируя только структуру ассиметрической единицы, неовозможно получить инфмормацию о том, как взаимодействуют между собой белковые субъединицы и как белок связывается с ДНК, так как видна только одна из цепей ДНК.