Получение файлов для работы
Для работы понадобится два файла:
• 1ON1.pdb - файл с 3D - структурой. Имеет разрешение - 1.75 А º
• 1on1.omap - файл с электронной плотностью. Получен с сайта EDS
Построение изображения электронной плотности вокруг отдельных а. о. белка MNTR_BACSU
Для исследования были выбраны следующие аминокислотные остатки из цепи А:
• Lys24
В PyMol выполнили - isomesh lys_24_density, 1on1_density, 1.0, a/24/, 0.5 , где превый параметр указывает на имя нового выделенного объекта, 1on1_density - имя файла с плотностью (т. е. 1on1.omap), 1.0 - уровень подрезки электронной плотности, a/24/ - идентификатор многжества для которого выделяем электронную плотность, 0.5 - "buffer"
серым цветом - уровень подрезки = 2.5
оранжевым - уровень подрезки = 1.0
Максимальная электронная плотность сосредоточена на атомах килорода и азота, участвующих в образовании пептидной связи и на одном атоме азота боковой группы (NE).
• His104
Здесь электронная плотность убывает по мере отдаления от остова.
• Trp107
У этого а. о. электронная плотность также максимальна на атомах О и N пептидной связи. В отличие от ранее рассмотренных аминокислот, здесь почти для всех атомы определена электронная плотность при уровень подрезки = 2.5.
Построение изображения электронной плотности вокруг короткого пептида из белка MNTR_BACSU
Был выбран участок 104-107 цепи А.
Обозначения для лектронной плотности аналогичы обозначениям ка для отдельных а. о.
Уровень подрезки электонной плотности составляет 3.0.
На картинках видно, что сгущения электронной плотности соответсвуют координатам атомов. Причем, наиболее точно можно определить координаты наиболее электроотрицательных атомов, рассположенных в составе остова.
© Евсютина Даша