Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~dashkache/term2/text/meme.html
Дата изменения: Thu May 27 13:49:50 2010
Дата индексирования: Tue Oct 2 17:40:27 2012
Кодировка: Windows-1251

MEME

Поиск мотивов: программа MEME.

I Задание
В моем выравнивании найдено 3 мотива.
Результат поиска

Данные о мотивах:

?1 мотив
Мотив не найден в белке ZUR_BACSU
Координаты в моем белке - 44-81
P-value моего белка=1.8e-40
Длина=41
Энтропия=139.2 bits
На выравнивании внизу мотив выделен зеленым

?2 мотив
Мотив не найден в белке ZUR_BACSU
Координаты в моем белке - 96-137
P-value моего белка=3.7e-39
Длина=41
Энтропия=131.8 bits
На выравнивании внизу мотив выделен розовым

?3 мотив
Мотив найден во всех белках
Координаты в моем белке - 13-42
P-value моего белка=3.8e-24
Длина=29
Энтропия=86.5 bits
На выравнивании внизу мотив выделен голубым

II Задание

Файл в msf-формате(выравнивание)

III Задание
Поиск мотивов программой MAST
Итак исследовано 24 последовательности:

Мотив ?1 встречается в 22 последовательностях.

Мотивы ?2 и ?3 не встречаются.

Да, выравнивание, взятое из Pfam, соответствует мотивам.

Второй семестр