EC (классификация ферментов). KEGG (Метаболические пути).

Объяснение EC белка RIBF_ECOLI

Ферментативная активность данного белка: 2.1.3.3 Расшифровка по пунктам: EC 2 - Трансфераза (Transferase) EC 2.1 - Переносчик групп, содержащих одну карбо-группу (Transferring one-carbon groups) EC 2.1.3 - Карбокси- и карбомилтрансферазы (Carboxy- and Carbamoyltransferases) EC 2.1.3.3 - Орнитил карбомилтрансфераза (ornithine carbamoyltransferase ) Уравнение реакции - carbamoyl phosphate + L-ornithine = phosphate + L-citrulline Графическое изображение :

Метаболические пути, в которых участвует RIBF_ECOLI

Локус гена - eco:b4254


KEGG ID	Английское название	Русское название
eco00330	Arginine and proline metabolism	Метаболизм аргинина и пролина
eco01100	Metabolic pathways	Метаболические пути
eco01110	Biosynthesis of secondary metabolites	Биосинтез вторичных метаболитов

Карта метаболизма аргинина и пролина


Определение структурной формулы рибулозо-5-фосфат и ФАД




Русское название	Английское название	ID	Структурная формула
ФАД	Flavin Adenine Dinucleotide	C00016
Рибулозо-5-фосфат	D-Ribulose 5-phosphate	C00199

Метаболический путь от (S)-малата до пирувата



Выбранный путь: Riboflavin metabolism
Цепочка: рибулозо-5-фосфат -> 3,4-дигидрокси-2-бутанон-4-фосфат -> 6,7-диметил-8нбитил лумазин -> рибофлавин -> ФМН -> ФАД.


Сравнение метаболических путей у разных организмов




Возможность выбранной цепочки ферментативных в разных организмах с известными полными геномами.

Организм	Возможна ли цепочка реакций (да/нет/неизвестно)	Обоснование
Escherichia coli K-12 MG1655	нет	неизвестен фермент, осуществляющий первую стадию
Archaeoglobus fulgidus	да
Arabidopsis thaliana	нет	неизвестен фермент осуществляющий 3 стадию
Homo sapiens	да


Карта процесса для H. sapiens

Сравнение ферментов из далеких организмов



• ЕC 4.1.1.23 (оротидин-5'-фосфат декарбоксилаза)
• Запрос SRS: (([uniprot-ID:*_HUMAN*] | [uniprot-ID:*_ARCFU*]) & [uniprot-ECNumber:4.1.1.23*])
• Нашлись 5 белков: B5LY70_HUMAN, B5LY64_HUMAN, PYR5_HUMAN, PYRF_ARCFU и B5LY72_HUMAN.
• Все белки имеют общий домен - PF00215 (Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain)
  Кроме того, PYR5_HUMAN имеет дополнительный домен PF00156 (Phosphoribosyltransferase), что наверное соответствует второй ферментативной активности данного белка.
  
• Для дальнейшей работы выбрали PYRF_ARCFU и PYR5_HUMAN т.к. только для них было указано имя локуса гена (afu:AF0929 и hsa:7372)
• Для PYRF_ARCFU лучший ортолог из эукариот tan:TA16510; организм - Theileria annulata; identity - 0,258; overlap - 198 при длине самого белка - 205.
  
• Для PYR5_HUMAN лучший ортолог из архей pab:PAB2430 ; организм - Pyrococcus abyssi; identity - 0.351; overlap - 171 при длине самого белка - 480.
  
• Для человека ортолог нашелся явно лучше, чем для археи. Но так как в человеческом белке два домена, мы не можем гарантировать что выровнялся нужный. Найденные ортологи показывают, что два белка с одинаковой ферментативной активностью могут иметь очень различающиеся последовательности.