Смодулированн процесс эволюции исходной последователности,исходя из дерева, приведенного в скобочной форме записи. Далее проанализированна полученная модель.

В качестве исходной последовательности для мутаций был взят ген репессора лактозного оперона у Escherichia coli (LacI_ecoli). С помощью программы msbar были получены мутантные последовательности, соответствующие всем узлам дерева, заданного в скобочной форме записи. Эволюционные расстояния, приведенные в данной скобочной структуре из расчета замен на 100 нуклеотидов, были пересчитаны на полную длинну последовательности гена LacI.

Данное дерево в скобочной форме записи:

(A:100(((B:60,C:60):10,D:70):20,(E:70, F:70):20):10)

Эволюционное дерево:

Вычисления расстояний с пересчетом на длину последовательности

Скрипт, поданный в программу msbar msbar laci.embl a.embl -point 4 -count 1082 -auto msbar laci.embl m1.embl -point 4 -count 108 -auto msbar m1.embl m4.embl -point 4 -count 216 -auto msbar m4.embl f.embl -point 4 -count 757 -auto msbar m1.embl m2.embl -point 4 -count 216 -auto msbar m4.embl e.embl -point 4 -count 757 -auto msbar m2.embl m3.embl -point 4 -count 108 -auto msbar m2.embl d.embl -point 4 -count 757 -auto msbar m3.embl c.embl -point 4 -count 649 -auto msbar m3.embl b.embl -point 4 -count 649 -auto Анализ модели Определение эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями Сравнение методов реконструкции деревьев

 

---

Back HOME