На главную
Второй семестр

Построение множественного выравнивания.

Для работы выбраны девять последовательностей, гомологичных данной и удовлетворяющих условиям задания. Построены множественные выравнивания с помощью программ emma и muscle. Получена матрица попарного совпадения последовательностей на основе множественного выравнивания с помощью программы GeneDoc. :

• Выбранные гомологичные последовательности.

• Выравнивание с помощью программы emma.

• Выравнивание с помощью программы muscle.

• Матрица попарного совспадения последовательностей.

Сравнение 2-х множественных выравниваний

Действительно, есть весьма большие различия в постановке гэпов в выравниваниях emma и muscle, однако в основном, эти различия встречаются в не консервативных участках последовательностей, поэтому и не влияют на "окраску" выравнивания, т.е. видимо, для того, чтобы понять, которая расстановка гэпов более удачная, следует смотреть пространственные структуры этих гомологов. Единственное место, которое "заставляет призадуматься" и весьма спорно (на мой неопытный взгляд) - расстановка программами гэпов в конце последовательностей в белке LEXA_BACCR (области обведены зеленым):

Мне кажется, что более удачным и логичным является выравнивание программы muscle (перед названиями белков приписана буква m) . Все-таки "появились" еще три консервативных остатка, да и перед вторым G (глицином) стоит I (изолейцин), "схожий" с V (валином), стоящим во всех остальных строчках.

Сравнение оптимального попарного выравнивания.

Сравнивается попарное оптимальное выравнивания последовательностей Lexa_BACCR и Lexa_POLNA с их попарными выравниваниями, порожденными множественными выравниваниями программ emma и muscle.Опять же, различий не так много, но больше всего "выделяется" выравнивание программы emma(названия последовательностей выделены розовым цветом), особенно в конце последовательностей, что подтверждает "правоту" muscle-выравнивания в случае, описанном выше. Сильное же отличие между множественным выравниванием, порожденным программой muscle и оптимальным парным выравниванием (программой needle) только в восьмидесятых позициях выравнивания (верхняя пара - выравнивание emma, средняя пара - muscle, нижняя - needle):

Остальные различия не приводят к столь сильным отличиям в "окраске" выравнивания.