Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~dracon/t3-files/DREVO.doc Дата изменения: Wed Dec 28 13:33:25 2005 Дата индексирования: Tue Oct 2 08:35:22 2012 Кодировка: koi8-r

I. Описание модельного филогенетического дерева

Мне дали такую вот скобочную формулу

((А:50,(В:37,С:37):13):40,(D:60,(Е:27,F:27):33):40);

и сказали сделать, конечно, используя эту формулу, всякие задания. Вот
они:

Сперва требовалось построить изображение дерева с помощью автофигур
редактора Word, исходя из скобочной формулы. Результат представлен ниже:


[pic]
R - корень дерева,
(1) - (4) - узлы дерева,
Цифрами указаны расстояния, данные как число мутаций на 100 нуклеотидных
остатков.

Сиё древо никак не является ультраметрическим, так как расстояния от
корня до листьев не равны. От корня до листьев A, B и C оно составляет 90
PAM, а до листьев D, E и F - 100 PAM.

Были описаны ветви дерева как разбиения множества листьев. Дерево при
этом считалось бескорневым:


A B C D E F

* . . * * *

. . . * * *

. . . . * *


Так же дерево было представлено как бескорневое:

[pic]

И как укорененная прямоугольная кладограмма, ориентированная слева
направо:



+------ A
+-----+
| | +-- B
| +---+
R -+ +-- C
|
| +------ D
+-----+
| +-- E
+---+
+-- F


Далее дерево было «переукорено». Новый корень отмечен на первом
рисунке красным крестом. Ниже представлено полученное дерево:
[pic]


Полученное дерево было представлено в виде прямоугольной укорененной
филограммы, с указанием всех узлов и расстояний:

30
+---D
| 27
-R 33 +---E
| +---4 27
|30 | +---F
+---3 50
| 80 +-----A
+--------1 27
13| +----B
+-2 27
+----C

Как очень легко заметить, это дерево так же не является
ультраметрическим: расстояния от корня до различных листьев совершенно
различны и заключены в пределы от 30 до 150.
Аналогичным образом были описаны ветви дерева как разбиения множества
листьев:

A B C D E F

* . . * * *

. . . * * *

. . . . * *

* * * . * *

По дереву с новым корнем создана скобочная формула:

(D:30,(((В:37,С:37):13,A:50):80,(Е:27,F:27):33):30);

II. Построение эволюционной модели.





Исходное дерево было применено для построения эволюционной модели для белка
CLCA_ECOLI. Длина гена этого белка составляет 1422 нуклеотида,
следовательно, были посчитаны количества мутаций между всеми соседними
узлами (узлами и листьями). Эти данные показаны на следующем дереве:


[pic]


Для всех будущих мутантных последовательностей, стоящих в узлах дерева,
были придуманы "естественные имена":


- CLCA_TIPA1


- CLCA_SLON2


- CLCA_ESLI3


- CLCA_KOBR4

A - CLAA_ABLOM
B - CLBB_MOLBA
C - CLCC_FORS4
D - CLDD_HHOKK
E - CLEE_VAX57
F - CLFF_KONEC

Естественно, (R) - CLCA_ECOLI, исходная последовательность.


Далее, когда основная часть работы позади, с помощью программы msbar пакета
EMBOSS были получены мутантные последовательности. В ходе выполнения
задания был создан скрипт, представленный ниже:





msbar CLCA_ECOLI.txt CLCA_TIPA1.txt -point 4 -count 569 -auto
msbar CLCA_ECOLI.txt CLCA_ESLI3.txt -point 4 -count 569 -auto
msbar CLCA_TIPA1.txt CLAA_ABLOM.txt -point 4 -count 711 -auto
msbar CLCA_TIPA1.txt CLCA_SLON2.txt -point 4 -count 185 -auto
msbar CLCA_SLON2.txt CLBB_MOLBA.txt -point 4 -count 526 -auto
msbar CLCA_SLON2.txt CLCC_FORS4.txt -point 4 -count 526 -auto
msbar CLCA_ESLI3.txt CLDD_HHOKK.txt -point 4 -count 853 -auto
msbar CLCA_ESLI3.txt CLCA_KOBR4.txt -point 4 -count 469 -auto
msbar CLCA_KOBR4.txt CLEE_VAX57.txt -point 4 -count 384 -auto
msbar CLCA_KOBR4.txt CLFF_KONEC.txt -point 4 -count 384 -auto






-----------------------
40

(3)


B

R

40

(1)

A

33

60

37

(4)

13

50

37

(2)

27

27

A

B

C

D

E

F

C

D

E

F

(1)

(2)

(3)

(4)


13

33

F

B

C

A

E

D

37

37

50

27

27

30

30

80

(3)

(4)

R

Место переукоренения

(1)

(2)


469

185

F

E

D

C

B

A

384

384

853

526

526

711

569

569

(2)

(1)

R

(3)

(4)





















Место исходного корня

80

50

13

37

37

60

33

27

27