Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~ellys/Files/Protocol11.doc Дата изменения: Tue May 31 20:19:53 2005 Дата индексирования: Tue Oct 2 09:31:27 2012 Кодировка: koi8-r

Task 11
Protocol 11


Образец
For a description of the procedures, methods and data bases used in the
research and analyzis, please see Task_11.doc.



Упражнение 1 Описание доменной структуры белка DNA Gyrase B

Белок Escherichia coli DNA Gyrase B

[pic]
Рис.1 DNA gyrase subunit b (ec 5.99.1.3)


Таблица1
Идентификатор Pfam, сокращенное название, полное название каждого домена
бедка DNA Gyrase B
|Идентификатор |Сокращенное |Полное название |Положение домена в|
|Pfam (AC) |название | |последовательности|
| | | |Цепь |Старт |Стоп |
|PF025180251 PF|HATPase_c |Histidine kinase-, DNA |A |40 |193 |
| | |gyrase B-, and | | | |
| | |HSP90-like ATPase | | | |
|PF00204 |DNA_gyraseB |DNA gyrase B |A |221 |391 |
|рапр | | | | | |
|PF01751 |Toprim |Toprim domain |A |417 |524 |
|PF00986 |DNA_graseB_C |DNA gyrase B subunit, | |726 |796 |
| | |carboxyl terminus | | | |


Пространственная Структура белка DNA Gyrase B
[pic]
Рис.2 Домен DNA Gyrase Subunit B. PDB ID: 1iei



Упражнение 2. Описание семейства доменов, к которому относится N-концевой
домен белка DNA Gyrase B (рассматривание домеов только из PfamA)

Гистидин кинас-, ДНК гирас- и HSP90- подобный АтФас (HATPase_c)
Это семейство представляет структурно родственные АТФ-домены
Гистидинкинаса, ДНК гираса и HSP90. Оно всаимодействует и/или образует
структурные комрлекты с другими семействами из базы данных Pfam. Семейство
обнаруженно в нескольких АТФ связывающихся белках, например (английскими
названиями) histidine kinase, DNA gyrase B, topoisomerases, heat shock
protein HSP90, phytochrome-like ATPases and DNA mismatch repair proteins.


Таблица2.
Таксоны, в которых встречаются белки с такими доменами

| |Количество белков с |
|Таксон |доменом PF HATPase C |
|Эукариоты |Растения |332 |
| |Грибы |234 |
| |Животные |257 |
|Бактерии |5989 |
|Археи |169 |

Всего известно 8252 белков с доменами HATPase C. Бывает чаще, что домен
HATPase встречается в белках в сочетании с другими доменами, чем бывает что
HTAPase является единственным доменом в белке (в самом деле, по видному это
совсем не бывает). 8 случаев (21 разных белков) дупликации домена HATPase C
известны [см. *]. Случаев перестановки 2-х доменов местами, если один из
доменов HATPase C по базе данных Pfam не известны.

*
1 белок с HisKA, HATPase_c, Response_reg, HisKA, HATPase_c, Response_reg
architecture-
Q95PI1_DICDI [ dictyostelium discoideum (slime mold)] double histidine kinas
e dhkd, 1 белок с 7TMR-DISM_7TM, HisKA, HATPase_c, Response_reg,
His_kinase, HATPase_c architecture
Q9KBB5_BACHD [ bacillus halodurans] bh2013 protein, 2 белка с HATPase_c,
HisKA, HATPase_c, Response_reg architecture
Q6H037_FREDI [ fremyella diplosiphon (calothrix pcc 7601)] putative two comp
onent hybrid sensor kinase, 2 белка с HisKA, HATPase_c, Response_reg,
HisKA, HATPase_c architecture Q8F425_LEPIN [ leptospira interrogans] two-
component hybrid sensor and regulator, 3 белка PAS, HisKA, HATPase_c,
Response_reg, PAS, HisKA, HATPase_c architecture
Q8KIY1_PSEME [ pseudomonas mendocina] bzip histidine kinase, 4 белка с
HisKA, HATPase_c, Response_reg, His_kinase, HATPase_c architecture
Q5WAT9_BACSK [ bacillus clausii (strain ksm-k16)] hypothetical protein, 4
белка с PAS, HisKA, HATPase_c, Response_reg, HisKA, HATPase_c architecture
Q5X3F2_LEGPA [ legionella pneumophila (strain paris)] sensor histidine kinas
e, 5 белков с HisKA, HATPase_c, Response_reg, PAS, HisKA, HATPase_c
architecture
O30988_PSEFL [ pseudomonas fluorescens] hybrid histidine kinase homolog



Упражнение 3. Описание документа InterPro.

Идентификатор документа InterPro: IPR003594
Название подписи: ATP-binding
region, ATPase-like
Количество белков, в которых обнаружена данная подпись: 8632


Таблица3.
Указание подписей, на основе которых был создан данный документ InterPro
|База Данных ID |ID Подписи |Название Подписи |Число Белков |
|Pfam |PF02518 |HATPase_c |8591 |
|SMART |SM00387 |HATPase_c |6568 |


Подпись ATP-binding region, ATPase-like [IPR003594] находится в отношениях
родства с двумя подписями (см. ниже)

Дерево отношения родства ATP-binding region, ATPase-like [IPR003594] из
InterPro
[http://www.ebi.ac.uk/interpro/ITreeDisplay?ac=IPR003594&open=,IPR003594]
| | |
|[p|IPR003594 : ATP-binding region, ATPase-like FOUND IN: (IPR001241:DNA|
|ic|topoisomerase II, IPR001404:Heat shock protein Hsp90, IPR002099:DNA |
|] |mismatch repair protein, IPR005467:Histidine kinase, IPR005734:DNA |
| |topoisomerase VI, subunit B, IPR006290:Heavy metal sensor kinase, |
| |IPR008358:Lantibiotic regulatory protein, IPR010193:Anti-sigma B |
| |factor, IPR010194:Anti-sigma F factor, |
| |IPR011135:Bacteriophytochrome, IPR011186:DNA mismatch repair protein|
| |Mlh1, IPR011557:DNA gyrase, B subunit, IPR012053:Signal transduction|
| |histidine kinase, sugar-phosphate transport system regulator, |
| |IPR012129:Phytochrome A/B/C/D/E) |
|[p|[p|IPR004358 : Histidine kinase related protein, C-terminal FOUND |
|ic|ic|IN: (IPR005467:Histidine kinase, IPR006290:Heavy metal sensor |
|] |] |kinase, IPR008358:Lantibiotic regulatory protein, |
| | |IPR009184:Tripartite hybrid signal transduction histidine kinase,|
| | |BarA type, IPR011135:Bacteriophytochrome) |


Иллюстрациа1. Дерево отношения родства



Упражнение 4. Описание всех известных подписей в белке, собранных в БД
InterPro.

Изображение положения доменов и мотивов в последовательности из InterPro
|UniProt/S|IPR000565: |
|wiss-Prot|PR01159 |
| |[pic] |
|GYRB_ECOL|DNAGYRASEB |
|I | |
|P06982 |IPR001241: |
|GO! |PF00204 |
|Scale: |[pic] |
|10aa |DNA_gyraseB |
|Structure| |
| |IPR001241: |
| |PR00418 |
| |[pic] |
| |TPI2FAMILY |
| | |
| |IPR001241: |
| |PS00177 |
| |[pic] |
| |TOPOISOMERASE_II |
| | |
| |IPR001241: |
| |SM00433 |
| |[pic] |
| |TOP2c |
| | |
| |IPR002288: |
| |PF00986 |
| |[pic] |
| |DNA_gyraseB_C |
| | |
| |IPR003594: |
| |PF02518 |
| |[pic] |
| |HATPase_c |
| | |
| |IPR003594: |
| |SM00387 |
| |[pic] |
| |HATPase_c |
| | |
| |IPR006171: |
| |PF01751 |
| |[pic] |
| |Toprim |
| | |
| |IPR011557: |
| |TIGR01059 |
| |[pic] |
| |gyrB |
| | |
| |IPR011558: |
| |PD149633 |
| |[pic] |
| |DNA_gyrase_B |
| | |
| |Classfication |
| |Domain ID |
| |Structural domains |
| | |
| | |
| |1ei1 |
| |1ei1a |
| |[pic] |
| | |
| | |
| |1ei1 |
| |1ei1b |
| |[pic] |
| | |
| | |
| |3.30.565.10.2 |
| |[pic]1aj600 |
| |[pic] |
| | |
| | |
| |3.30.970.10.1 |
| |[pic]1ei1A2 |
| |[pic] |
| | |
| | |
| |d.14.1.3 |
| |[pic]d1ei1a1 |
| |[pic] |
| | |
| | |
| |d.122.1.2 |
| |[pic]d1ei1a2 |
| |[pic] |
| | |
| | |


рис.3 Изображение положения доменов и мотивов в последовательности из
InterPro
[http://www.ebi.ac.uk/interpro/ISpy?ipr=IPR011557&mode=detailed&sort=name]


Таблица4.
Подробное описание всех собранных подписей в белке
| Название подписи|Положение в |Полное |* Название организации, |
| |последовательност|название |поддерживающей данную |
| |и |базы |БД. Город и страна |
| |Gyrb_Ecoli |данных | |
|DNAGYRASEB |Опечатки пальцев:|PRINTS-S |University |United |
| | | |of |Kingdom |
| |4-14, 180-195, | |Manchester | |
| |195-208, 219-241,| | | |
| |311-327, 359-373,| | | |
| |373-393, 469-478,| | | |
| |756-768, 772-788 | | | |
|DNA_gyraseB |220-390 |Protein |Sanger |United |
| | |Families |Institute |Kingdom |
| | |Database | | |
| | |of | | |
| | |Alignments| | |
| | |and HMMs, | | |
| | |Pfam | | |
|TPI2FAMILY |Опечатки пальцев:|PRINTS-S |University |United |
| | | |of |Kingdom |
| |34-49, 69-82, | |Manchester | |
| |112-126, 267-280,| | | |
| |419-433, | | | |
| |486-502, 504-521,| | | |
| |524-536, 735-751 | | | |
|TOPOISOMERASE_II |421-429 |PROSITE |Swiss |Швейцария,|
| | | |Institute of|Женева |
| | | |Bioinformati| |
| | | |cs | |
|TOP2c |34-796 |Simple | |USA |
| | |Modular | | |
| | |Architectu| | |
| | |re | | |
| | |Research | | |
| | |Tool, | | |
| | |SMART | | |
|DNA_gyraseB_C |726-792 |Pfam |Sanger |United |
| | | |Institute |Kingdom |
|HATPase_c |30-173 |Pfam |Sanger |United |
| | | |Institute |Kingdom |
|HATPase_c |30-174 |SMART | |USA |
|Toprim |417-524 |Pfam |Sanger |United |
| | | |Institute |Kingdom |
|gyrB |4-803 |Tigr |TIGR The |Rockville,|
| | |Protein |Institute |Maryland |
| | |Families, |for Genomic | |
| | |TIGR FAMs |Research | |
|DNA_gyrase_B |486-544 |Protein |The ProDom |Toulouse, |
| | |Domain |Team |France |
| | |Data Base,| | |
| | | | | |
| | |ProDom | | |


Working Files
|Directory\file |Content and Comments |
|H:\Term2\Practice_Works\Practic11\От| |
|чет\ | |
|gyrb_ecoli_domain.png |Доменная архитектура DNA Gyrase B |
| |(рис.1) |
|1ei1.bmp |Пространственная структура DNA |
| |Gyrase B (рис.2) |
|Protocol11.doc |this |
|Protocol11_attachment.doc |Иллюстрации из интернета |