Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~empire_paTRol/mm/text/moras.html
Дата изменения: Fri May 25 17:02:16 2012
Дата индексирования: Tue Oct 2 18:20:18 2012
Кодировка: Windows-1251
Sami-empirical statistic

Hа Главную
Молекулярное моделирование биополимеров
Kodomo Home

Cеми-эмпирические вычисления: Mopac

  1. 3D структура порфирина





    Obgen. Заметно, что ароматическая структура не плоская, не смотря на то, что приходилось вручную удалять 2 водорода. Mopac; PM6. Порфирин идеально плоский.

  2. Возбужденные состояния порфирина и спектр поглощения молекулы.
    STATE   ENERGY (EV)	Wavelength (nm)     
    
    1+	0,000000    
    2	1,914702	647,5378048868
    3	2,267035	546,9002155204
    4	2,464369	503,1072579197
    5	2,826105	438,7104973426
    6	3,364596	368,49652383
    7	3,392207	365,4971321303
    8	3,669208	337,9045096632
    9	3,871497	320,248712602
          

    Спектр поглощения от красного, до ультрафиолетового.

  3. Оптимизация 1,4-бензохинона




    Cтруктура, полученная obgen, выделена желтым, а Mopac - зеленым. Полученные C-C связи в obgen короче связей в Mopac Исходная структура выделена красным, измененная - зеленым. При добавлении отрицательных зарядов структра кольца и длина C-O связей искажается

  4. Тиминовые димеры

    Исходная структура тиминового димера. PDB Оптимизация Morac, заряд 0. E = -3273.58217 EV. PDB Оптимизация при заряде +2. E = -3253.90755 EV PDB Оптимизация и возвращение к заряду 0. E = -3273.69464 EV. PDB

    Возвращение к исходной струкутуре энергетически не выгодно. В процессе оптимизации произошла релаксация тиминовых остатков.


© Кузнецов Виктор Петрович