Hа Главную
Четвертый Семестр
Kodomo Home

Простейший профиль: частотная матрица

1. Получение необходимых для анализа данных
   
   • Построение профиля по участку выравнивания программой prophecy
   • Поиск в бактериальных белках из Swiss-Prot участков, дающих счет выше 30 при сравнении с созданным вами профилем profit
   • Всего находок - 37236.
     Счет больше 60 имеют 618 последовательностей.
     Больше 50 - 639.
     Больше 40 - 1137.
     


2. Анализ найденных белков и со списком всех белков подсемейства
   Был выбран порог 40, процесс постоения ROC-кривой отражен в таблице. ROC-кривая - это зависимость FP при всевозможных порогах от TP.
   
   
   Общие данные:
   Верных находок профиля - 630, ложных - 499.
   Число ненайденных белков подсемейства - 1.
   Чувствительность профиля TP/(TP+FN) - 0,998.
   Селективность TP/(TP+FP) - 0,558.
   

Селективность пaттерна выше селективности профиля. Селективности равны при пороге 41 (~0.74). Чувствительность же профиля 0.99 оказалась намного лучше чувствительности моего паттерна была равна 0,84. Если необходимо найти максимум нужных белков, а количество лишних не сильно важно, то профиль значительно лучше паттерна.