Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~empire_paTRol/term3/files/non.txt Дата изменения: Tue Dec 28 15:40:19 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 18:36:53 2012 Кодировка:

RMSD of the bases (----- for WC bp, + for isolated bp, x for helix change)

Strand I Strand II Helix
1 (0.003) A:...1_:[..G]G-----C[..C]:..72_:A (0.005) |
2 (0.004) A:...2_:[..C]C-----G[..G]:..71_:A (0.006) |
3 (0.008) A:...3_:[..G]G-----C[..C]:..70_:A (0.006) |
4 (0.009) A:...4_:[..G]G-*---U[..U]:..69_:A (0.007) |
5 (0.009) A:...5_:[..A]A-----U[..U]:..68_:A (0.008) |
6 (0.007) A:...6_:[..U]U-----A[..A]:..67_:A (0.016) |
7 (0.007) A:...7_:[..U]Ux----A[..A]:..66_:A (0.012) |
8 (0.017) A:..49_:[5MC]c-----G[..G]:..65_:A (0.017) |
9 (0.015) A:..50_:[..U]U-----A[..A]:..64_:A (0.015) |
10 (0.011) A:..51_:[..G]G-----C[..C]:..63_:A (0.009) |
11 (0.014) A:..52_:[..U]U-----A[..A]:..62_:A (0.022) |
12 (0.015) A:..53_:[..G]G----xC[..C]:..61_:A (0.006) |
13 (0.011) A:..54_:[5MU]u-**-xa[1MA]:..58_:A (0.048) |
14 (0.018) A:..55_:[PSU]Px**+xG[..G]:..18_:A (0.025) x
15 (0.007) A:..36_:[..A]Ax*---U[..U]:..33_:A (0.008) |
16 (0.007) A:..38_:[..A]A-*---c[OMC]:..32_:A (0.008) |
17 (0.021) A:..39_:[PSU]P-*---A[..A]:..31_:A (0.006) |
18 (0.010) A:..40_:[5MC]c-----G[..G]:..30_:A (0.009) |
19 (0.008) A:..41_:[..U]U-----A[..A]:..29_:A (0.006) |
20 (0.012) A:..42_:[..G]G-----C[..C]:..28_:A (0.005) |
21 (0.011) A:..43_:[..G]G-----C[..C]:..27_:A (0.006) |
22 (0.008) A:..44_:[..A]Ax*---g[M2G]:..26_:A (0.010) |
23 (0.017) A:..10_:[2MG]g-----C[..C]:..25_:A (0.006) |
24 (0.006) A:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:A (0.017) |
25 (0.009) A:..12_:[..U]U-----A[..A]:..23_:A (0.013) |
26 (0.011) A:..13_:[..C]C----xG[..G]:..22_:A (0.011) |
27 (0.017) A:..14_:[..A]A-**-xU[..U]:...8_:A (0.008) |
28 (0.018) A:..15_:[..G]Gx**+xC[..C]:..48_:A (0.013) x
29 (0.018) A:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:A (0.012) +

Note: This structure contains 9[4] non-Watson-Crick base-pairs.
****************************************************************************
Detailed H-bond information: atom-name pair and length [ON]
1 G-----C [3] O6 - N4 2.60 N1 - N3 2.66 N2 - O2 2.64
2 C-----G [3] O2 - N2 2.55 N3 - N1 2.76 N4 - O6 2.85
3 G-----C [3] O6 - N4 2.89 N1 - N3 2.92 N2 - O2 2.90
4 G-*---U [2] O6 - N3 2.96 N1 - O2 2.80
5 A-----U [2] N6 - O4 2.98 N1 - N3 2.69
6 U-----A [2] N3 - N1 2.62 O4 - N6 2.99
7 U-----A [2] N3 - N1 2.64 O4 - N6 2.78
8 c-----G [3] O2 - N2 2.76 N3 - N1 2.79 N4 - O6 2.69
9 U-----A [2] N3 - N1 2.73 O4 - N6 2.71
10 G-----C [3] O6 - N4 3.08 N1 - N3 2.84 N2 - O2 2.61
11 U-----A [2] N3 - N1 2.79 O4 - N6 2.85
12 G-----C [3] O6 - N4 2.96 N1 - N3 2.87 N2 - O2 2.67
13 u-**--a [3] N3 - N7 3.00 O2 - N6 2.89 O4 * O2P 3.98
14 P-**+-G [2] O4 * N2 2.80 O4'* O6 3.69
15 A-*---U [1] O2P* O2 2.30
16 A-*---c [1] N6 - O2 2.81
17 P-*---A [1] O2 * N1 2.71
18 c-----G [3] O2 - N2 2.79 N3 - N1 2.82 N4 - O6 2.77
19 U-----A [2] N3 - N1 2.88 O4 - N6 3.45
20 G-----C [3] O6 - N4 2.69 N1 - N3 2.71 N2 - O2 2.64
21 G-----C [3] O6 - N4 2.75 N1 - N3 2.74 N2 - O2 2.76
22 A-*---g [2] N6 - O6 2.91 N1 - N1 2.84
23 g-----C [3] O6 - N4 2.77 N1 - N3 2.71 N2 - O2 2.56
24 C-----G [3] O2 - N2 2.60 N3 - N1 2.75 N4 - O6 3.00
25 U-----A [2] N3 - N1 2.87 O4 - N6 2.88
26 C-----G [3] O2 - N2 2.72 N3 - N1 2.91 N4 - O6 3.01
27 A-**--U [3] O2P* O4 3.87 N7 - N3 2.76 N6 - O2 2.99
28 G-**+-C [2] N1 - O2 2.69 N2 - N3 2.88
29 G-----C [3] O6 - N4 3.12 N1 - N3 2.94 N2 - O2 2.71