Hа Главную
Третий Семестр
Kodomo Home

A-, В-, Z- формы ДНК. Структура РНК

1. Построение структур A-, B- и Z-форм ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA
   При использовании программы fiber пакета 3DNA были получены 3D модели различных форм ДНК
A- форма: gatc-a.pdb
B- форма: gatc-a.pdb
Z- форма: gatc-a.pdb


2. Средства RasMol для работы со структурами нуклеиновых кислот
• Скрипт для получения заданных хим группировок можно скачать тут
В скрипте отсутствует автозагрузка файла (load)


• Были скачаны необходимые PDB структуры
В структурах разрывов обнаружено не было


3. Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств RasMol
• Поиск больших и малых бороздок
Расположение тимина относительно большой и малой бороздки можно посмотреть в файле timin.sk2


• Сравнение основных спиральных параметров разных форм ДНК

Форма спирали	A-форма	B-форма	*Z-форма
Тип спирали	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	28.03	33.75	43.51
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	16.81 (Аденин фосфат)	17.21 (Цитозин фосфат)	12 (Цитозин фосфат)
Ширина малой бороздки	7.98 (Аденин фосфат)	11.69 (Цитозин фосфат)	9.86 (Цитозин фосфат)



• Торсионные углы для тимина

Торсионыые углы	alpha	beta	gamma	delta	epsilon	zeta	chi
A- форма (исх)	-62	173	52	3/88	178	-50	-160
A- форма	-51.72	174.79	41.72	79.88	-147.78	-75.12	-157.2
B- форма (исх)	-63	171	54	123/131	155	-90	-117
B- форма	-29.84	136.41	31.10	143.42	-140.75	-160.50	-97.94

Хуже всего с табличными данными сходится ипсилон, наиболее точно бета. Заметно так же, что значения А формы сходятся лучше, чем В-формы



4. Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA
• Сравнение торсионных углов для ДНК приведено в таблице tors.xls
Самый деформированный нуклеотид отмечен желтым цветом


• Структура водородных связей тРНК
• Акцепторный стебель
5' 1-7 3'
5' 66-72 3'

• D-стебель
5' 10-13 3'
5' 22-25 3'

• T-стебель
5' 49-53 3'
5' 61-65 3'

• Антикодоновый стебель
5' 38-44 3'
5' 26-32 3'



• Неканонические пары нуклеотидов тРНК
Неканонические пары отмечены * в txt файле
Из 29 водородных связей 1 дополнительная, стабилизирущая, очтальные являются либо не каноническими, либо являются частью стебля


• Возможные стекинг-взаимодействия
В файле overlap содержится информация о всех стекинг взаимодействиях

Файл step13 открывается редактором Ghost и содержит изображение пары с наибольшим значениям перекрытия