Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~golergka/term2/practices/practice1/
Дата изменения: Fri May 26 16:29:38 2006
Дата индексирования: Sat Dec 22 07:14:19 2007
Кодировка: Windows-1251
Банк SwissProt
На главную страницу
На страницу второго семестра
Белок BTUF_ECOLI в банках Swiss-Prot и TrEMBL
Задание состояло в сборе информации о своем белке в базе данных SwissProt. В качестве источника информации использовался файл http://www.expasy.ch/uniprot/P37028.txt, как и было указано в указаниях к заданию. Результатом выполнения задания является следующая заполненная таблица.
Также среди заданий был поиск белка по названию в базах данных SwissProt.
Таблица 1 Информация о белке в базе данных SwissProt.
Метка поля Содержание
Код доступа ("Accession number") AC P37028; P77436;
Идентификатор последовательности в БД ID BTUF_ECOLI
Название (краткое описание) белка DE Vitamin B12 binding protein precursor.
Дата создания документа DT 01-JUN-1994
Название организма OS Escherichia coli.
Полное название таксона OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia.
Длина последовательности FT 266
Молекулярная масса белка SQ 29367
Число публикаций, использованных при создании документа RN 6
Название журнала с самой свежей публикацией RL J. Biol. Chem.
Описание вторичной структуры FT Описаны альфа-спирали и бета-листы вторичной структуры, повороты цепи. Отдельно выделена сигнальная последовательность.
Что содержит поле комментариев? СС Описание функций белка (часть транспортного комплекса ABC, занятый в транспортировке витамина B12), описание роли, которую играет в данном комплексе, положение белка в клетке(между внешней и внутренней мембраной), заметка о том, где именно располагается витамин(между двумя доменами белка), запись о том, к какой семье белком он принадлежит и о том, что белок обладает доменом связывания Fe/B12.
Какие особенности последовательности указаны? FT Локации домена, сайтов связывания GTP, фосфорилированных остатков, влияние точечных мутаций на организм, локацию альфа-спиралей, бета-листов и бета-изгибов
Идентификаторы записей PDB DB 1N2Z; 1N4A; 1N4D
Таблица 2 Результаты поиска в базах данных.
ЗапросЧисло документов в SwissprotЧисло документов в TrEMBL
Vitamin B12 binding protein precursor170
Vitamin B12 binding protein344
B12 binding protein58113
На главную страницу
На страницу второго семестра