Исследование ДНК-белковых взаимодействий в структуре комплекса Т-протеина
и ДНК

Краткое описание структуры в файле 1xbr.pdb

Файл содержит информацию о двух молекулах, ДНК и белка.
ДНК (5'-D(*AP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*AP* TP*T)-3' представлена двумя цепями в данном файле, С и D, и белок представлен двумя цепями А и В(T PROTEIN). ДНК-белковый комплекс был экспрессирован в организме: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)
Для исследования были выбраны цепи A и В, белка и цепи С и D, представляющие ДНК со следующей последовательностью:


образец

цепь C [524] 5' - AATTTCACACCTAGGTGTGAAATT - 3' [501] 
                  ||||||||||||||||||||||||      
цепь D [524] 3' - TTAAAGTGTGGATCCACACTTTAA - 5' [501],
    

где 501 и 524 - номера первого и последнего нуклеотида.


Функции белка, структура которого представлена в файле ХХХХ.pdb

Название белка: Brachyury protein
Идентификатор:P24781
Название гена:bra
Организм:Xenopus laevis (African clawed frog)
Таксономическая линия:Eukaryota ' Metazoa ' Chordata ' Craniata ' Vertebrata '
Euteleostomi ' Amphibia ' Batrachia ' Anura ' Mesobatrachia ' Pipoidea ' Pipidae'
Xenopodinae ' Xenopus ' Xenopus
Длина последовательности:432 AA
Функция:Involved in the transcriptional regulation of genes required for mesoderm formation and differentiation.
Causes dorsal mesodermal differentiation of animal cap ectoderm when co-expressed with wnt8 and noggin.
None of these molecules causes dorsal mesoderm formation when expressed alone.
Establishes the left/right axis at early gastrula stage by directly up-regulating mesodermal expression of zic3.
Субклеточная локализация: nucleus
Тканевая специфичность:Expressed in presumptive mesodermal cells around the blastopore, and then in the notochord.
Последовательность:


>sp|P24781|BRAC_XENLA Brachyury protein OS=Xenopus laevis GN=t PE=1 SV=1
MSATESCAKNVQYRVDHLLSAVENELQAGSEKGDPTEKELKVSLEERDLWTRFKELTNEM
IVTKNGRRMFPVLKVSMSGLDPNAMYTVLLDFVAADNHRWKYVNGEWVPGGKPEPQAPSC
VYIHPDSPNFGAHWMKDPVSFSKVKLTNKMNGGGQIMLNSLHKYEPRIHIVRVGGTQRMI
TSHSFPETQFIAVTAYQNEEITALKIKHNPFAKAFLDAKERNDYKDILDEGIDSQHSNFS
QLGTWLIPNGGSLCSPNPHTQFGAPLSLSSPHGCERYSSLRNHRSAPYPSPYTHRNNSPN
NLADNSSACLSMLQSHDNWSTLQMPAHTGMLPMSHSTGTPPPSSQYPSLWSVSNSAITPV
SQSGGITNGISSQYLLGSTPHYSSLSHAVPSPSTGSPLYEHGAQTEIAENQYDVTAHSRL
SSTWTPVAPPSV

Исследование структуры ДНК

С помощью программ find_pair и analyze определим тип формы ДНК. Опрелим средние значения торсионных углов для внутренних нуклеотидов (для всех, кроме краевых). Вся информация о средних значениях приведена в файле Excel. Cравнивая средние знчения для торсионных углов со значениями для определенных ДНК-форм, можно выявить, что данная цепь ДНК относится к В-форме. Самый "кривой" нуклеотид С17 из второй цепи.

Исследование природы ДНК-белковых контактов


1) скрипт my_dna.def, в котором определены множества атомов
2)

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	0	0	0
остатками фосфорной кислоты	20	20	31
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	3	3	6
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	1	1	2


3) Самое большое количество котактов пришлось на фосфаты и основания, ни одного контакта с сахаром. Так же можно сделать вывод о том, что неолярных взаимодействий больше, чем полярных.

Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot

Использованная команда: nucplot 1xbr.pdb


Возможный(е) распознающий(е) контакт(ы)

Укажите, контакт какого аминокислотного остатка с каким нуклеотидом представляется вам хорошим кандидатом на роль распознающего контакта. Приведите обоснование вашего выбора. Приведите картинку, полученную с помощью RasMol, на которой изображены выбранные контактирующие остатки.

Характеристика ДНК-связывающего домена ___(UniProt ID)________

С помощью инструментов Pfam определите доменную структуру белка из исследуемого комплекса. Приведите картинку, иллюстрирующую доменную структуру. Приведите полное название ДНК-связывающего домена и его краткую аннотацию в InterPro.