Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~greyerg/15.html
Дата изменения: Wed May 27 16:36:03 2009
Дата индексирования: Mon Oct 1 21:52:26 2012
Кодировка: Windows-1251

Marakhovskaya's page

Работа в командной строке Linux. Программы выравнивания последовательностей пакета EMBOSS

I. Работа в командной строке Linux.
1.
Команда "ls " выводит все что содержится в папке, в которой мы находимся.
Команда "ls .." показывает папки стоящие выше по дереву.
Выполнение команды "cd ..", а затем "ls", приводит к тому, что мы переходим в вышестоящие директории,
а затем нам показывается содержание той директории, в которой мы находимся.
При повторении пары команд предыдущего пункта, мы поднимались каждый раз на директорию выше,
пока не кончилось дерево.
Команда 'pwd' показывает путь к данной директории от главной.
2. seqret sw:p61316 - файл с последовательностью моего белка в фаста формате переместилась в мою директорию;
команда more Х открывает выбранный файл.
entret sw:p00000 - файл, содержащий информацию о моем белке в банке SwissProt, копируется в мою директорию.
Команда more X снова открыла выбранный мной файл, при нажатии кнопки Enter файл пролистывался.
II.
1. Создала второй файл в fasta-формате с последовательностью родственного белка lola_shepa.
Затем с помощью программы needle создала файл с полным выравниванием этих белков.
Первое выравнивание содержит большое количество гэпов.
При изменении параметров (увеличении штрафов за гэпы и пропуски вдвое) выравнивание почти не содержит гэпов.
2. Создание парного локального выравнивания.

Cовпадают ли локальные выравнивания с соответствующими частями глобальных выравниваний?

Нет, не совпадают. Ни один фрагмент локальных выравниваний не является частью какого-либо глобального выравнивания.

соответствующий файл Глобальное выравнивание, стандартные параметры.	Есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных глобальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности? Да, есть. В первом глобальном выравнивании: 5-му остатку первой последовательности соответствует 9-ый остаток второй, а во втором 5-му остатку первой 5-ый остаток второй. Что видно из представленных картинок глобальых выравниваний слева.
соответствующий файл Глобальное выравнивание, удвоенные параметры.	Есть ли хотя бы один пример того, что в одном глобальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск? Да, есть. В первом выравнивании против 144-ого остатка второй последовательности стоит пропуск первой последовательности, а во втором выравнивании 145-ой первой последовательности остаток.
соответствующий файл Локальное выравнивание, стандартные параметры.	Есть ли хотя бы один пример того, что одной и той же позиции первой последовательности в разных локальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности? Да, есть. В первом локальном выравнивании 179-ому остатку первой последовательности соответствует 183-ый остаток второй последовательности, а во втором локальном 182-ый
соответствующий файл Локальное выравнивание, удвоенные параметры.	Есть ли хотя бы один пример того, что в одном локальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск? Да, есть. Против 144-ой позиции второй последовательности первого локального выравнивания стоит пропуск в первой последовательности, против 144-ой позиции второй последовательности второго локального выравнивания стоит 143-ая.
соответствующий файл Локальное выравнивание, уменьшенные вдвое параметры.	Cоответствуют ли оптимальные локальные выравнивания, построенными с использованием разных параметров, одним и тем же фрагментам последовательностей? Нет, только фрагменты выравниваний со стандартными параметрами и с параметрами заниженными совпали, фрагмент с завышенными параметрами, отличается от них.