Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~haaalbert/Term2/task6.html
Дата изменения: Tue Apr 11 17:56:18 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 09:42:27 2012
Кодировка: Windows-1251

Занятие 6, 2006

Построение схемы переходов глобального выравнивания.

В файле matrix.xls находится три листа:

Global.
Построение глобального выравнивания при помощи алгоритма Нидельмана - Вунша. Страница содержит пять таблиц:
- в 1-ой посчитаны численные значения (веса) путей, заканчивающихся в каждой ячейке. В левом верхнем углу таблицы поставлен 0, в первых строке и столбце значения получены прибавлением штрафа за делецию (-2) к предыдущему значению (к значению в левой и верхней клетке, соответственно). В остальных клетках значения получены с помощью формулы (на примере клетки D5):
  D5=MAX(D4-2;C5-2;C4+IF(C$3=$B4;2;-1))
  Т.е. считается вес перехода из левой ячейки при помощи делеции (C5-2), из верхней ячейки при помощи делеции (D4-2) и вес перехода по диагонали (С4+2, если аминокислоты совпадают и С4-1, если нет); затем из этих весов выбирается наибольший.
- в 2-ой формулы заменены числами (специальная вставка).
- в 3-ей расставлены стрелки переходов: в левой верхней ячейке стрелки нет, в первом столбце и первой строке стрелки вверх и влево, соответственно; в остальных ячейках стрелка выбирается формулой (на примере ячейки K5):
  K5=IF(D5=(C4+IF(C$3=$B4;2;-1));"j";IF(D5=C5-2;"f";"h"))
  Т.е. если в ячейке D5 выбран переход по диагонали, то пишется j (стрелка вверх-влево в шрифте Wingdings 3), если влево, то f (соотв. стрелка влево), если вверх, то h (соотв. вверх).
- в 4-ой таблице 2-ая и 3-ья таблицы соединены при помощи операции CONCATENATE, в результате получена таблица, в каждой из ячеек которой находится число (вес) и стрелка. При этом шрифт меняется на Arial.
- в 5-ой таблице у букв f ,h, j шрифт заменен на Wingdings 3 (ручная работа!).
Local.
Таблица содержит попытку локального выравнивания по алгоритму Смита-Ватермана. Все сделано, как в листе global, только, если значение в ячейке было отрицательным, оно обнулялось и вместо стрелки рисовался символ заземления. Локального выравнивания не получилось.
Example.
Таблица содержит разобранный на объяснении в классе пример (использовалась для сочинения и проверки формул).