| S1(3-10)-H1(12-15)-H2(31-38)-H3(39-45)-S2(47-56)-H4(57-61)-H5(62-77)-Н(78-80)-
S3(82-86)-H6(91-103)-S4(109-112)-H7(124-138)-H8(139-142)-S5(147-150)-S6(153-156) -
S7(160-162)-S8(171-173)-S9(180-183)-S10(186-189)-H9(197-201)-S11(214-218)-H10(225-234) -
S12(238-243)-H11(250-263)-S13(266-271)-H12(285-290)-S14(291-293)-H13(298-310)-H14(315-324) |
Это описание вторичной структуры белка (цепи А) в виде буквенной схемы.
Условные обозначения: H - спираль,S - бета-тяж. |
 |
Это графическая схема вторичной структуры с отображением бета-листов.
Итак, 14 бета-тяжей, 3 бета-листа, 15 спиралей (9 из них являются альфа-спиралями).
Cхема построена средствами программы Microsoft Word. |
| При исследовании вторичной структуры белка возник ряд вопросов о способе определения типов
спиралей (310 или альфа?..).Вторичная структура в PDB определена программой STRIDE.
Она сообщает о 9 альфа-спиралях. Например, из двух спиралей 31-38A и 39-45A вторую она относит к спиралям 310.
С другой стороны, алгоритм DSSP программы RasMol отображает другое число альфа-спиралей равное 14... И кто прав?
ААл (в комментариях к Credit2): "На сегодня имеется два распространенных алгоритмических
определения альфа-спирали (и др. элементов вторичноей структуры): DSSP (включен в Rasmol) и STRIDE. Каждый из алгоритмов иногда
дает явно ошибочные ответы. Решающим является экспертная оценка т.е. СУБЪЕКТИВНОЕ ОПРЕДЕЛЕНИЕ. В конце концов, абсолютная
однозначность определения не столь существенна; более того, она может быть неадекватна природе вещей - объект сложный, наших
понятий не хватает для его полного описания. Так оно и есть для многих вопросов сравнительного анализа структур белков." |