Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~igogo/Term2/SRS_tables.doc Дата изменения: Wed Mar 8 20:50:18 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 09:35:55 2012 Кодировка: koi8-r

Таблица 1. Группы банков данных.
|Банк данных |Группа |
|Swiss-Prot |UniProt Universal Protein Resource |
|EMBL |Nucleotide sequence databases |
|PDB |Protein structure databases |

Таблица 2. Таксон гамма-протеобактерии
|Название таксона |GAMMAPROTEOBACTERIA |
|Количество документов в|33890 |
|Swiss-Prot | |




Таблица 3. Запросы
|Цель |Строка запроса |Количество найденных |
| | |документов |
|Поиск белка по |[swissprot-AccNumber:p00805*] |1 |
|Accession number | | |
|Приведено несколько вариантов запросов, т.к. в задании сказано «.которые |
|выполняют функцию, сходную с функцией . белка», следовательно есть смысл |
|попробовать разные варианты поиска («сходная» до какой степени?..). А так как |
|поиск - искусство, то мастерство нужно оттачивать (. |
|Составление выборки |[uniprot-Taxonomy:Gammaproteobacte|6 |
|белков из таксона |ria*] & | |
|«гамма-протеобактерии|((([uniprot-Description:L-asparagi| |
|» с функцией, сходной|nase*] & | |
|с функцией |[uniprot-Description:II*]) & | |
|исследуемого белка |[uniprot-Description:precursor*]) | |
| || | |
| |[uniprot-Description:L-asparaginas| |
| |e II precursor*] | |
|Составление выборки |[uniprot-Taxonomy:Gammaproteobacte|2 |
|белков из таксона |ria] & | |
|«гамма-протеобактерии|((([uniprot-Description:L-asparagi| |
|» с функцией, сходной|nase] & [uniprot-Description:II]) | |
|с функцией |& [uniprot-Description:precursor])| |
|исследуемого белка || | |
| |[uniprot-Description:L-asparaginas| |
| |e II precursor] | |
| | | |
| |(в запросе отключена функция Use | |
| |wildcards ) | |
|Составление выборки |[uniprot-Description:L-asparaginas|24 |
|белков из таксона |e*] & [uniprot-Description:II*]) || |
|«гамма-протеобактерии|[uniprot-Description:L-asparaginas| |
|» с функцией, сходной|e II*]) & | |
|с функцией |[uniprot-Taxonomy:Gammaproteobacte| |
|исследуемого белка |ria*] | |
|(*) | | |
|Составление выборки |[uniprot-Description:L-asparaginas|19 |
|белков из таксона |e] & [uniprot-Description:II]) | | |
|«гамма-протеобактерии|[uniprot-Description:L-asparaginas| |
|» с функцией, сходной|e II]) & | |
|с функцией |[uniprot-Taxonomy:Gammaproteobacte| |
|исследуемого белка |ria] | |
| | | |
| |(в запросе отключена функция Use | |
| |wildcards ) | |
| |
|Нахождение (одним |[uniref100-Organism:Yersinia |1 |
|запросом к банку |pestis*] | | |
|UniRef100) белков из |[uniref100-Organism:Vibrio | |
|организмов Yersinia |cholerae*]) & | |
|pestis и Vibrio |(([uniref100-Description:L-asparag| |
|cholerae, которые |inase*] & | |
|выполняют функцию, |[uniref100-Description:II*]) | | |
|сходную с функцией |[uniref100-Description:L-asparagin| |
|белка ASPG2_ECOLI |ase II*] | |



Таблица 4. Описание выборки (для случая (*) - см. таблицу 3 и
соответствующую строку запроса)

|? |ID |AC |Организм |Таксон |
|1 |ASPG2_ECOLI |P00805 |ESCHERICHIA COLI |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | | |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA|
|2 |Q2XME2_PSEPU |Q2XME2 |PSEUDOMONAS PUTIDA |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |F1 |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |PSEUDOMONADALES |
| | | | |PSEUDOMONADACEAE PSEUDOMONAS |
|3 |Q31WL9_SHIBS |Q31WL9 |SHIGELLA BOYDII |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |SEROTYPE 4 STRAIN |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | |SB227 |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE SHIGELLA |
|4 |Q32C26_SHIDS |Q32C26 |SHIGELLA |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |DYSENTERIAE |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | |SEROTYPE 1 STRAIN |ENTEROBACTERIALES |
| | | |SD197 |ENTEROBACTERIACEAE SHIGELLA |
|5 |Q3NN84_SHEFR |Q3NN84 |SHEWANELLA |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |FRIGIDIMARINA NCIMB|GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | |400 |ALTEROMONADALES SHEWANELLACEAE|
| | | | |SHEWANELLA |
|6 |Q3NVA7_SHEFR |Q3NVA7 |SHEWANELLA |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |FRIGIDIMARINA NCIMB|GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | |400 |ALTEROMONADALES SHEWANELLACEAE|
| | | | |SHEWANELLA |
|7 |Q3Q5W2_9GAMM |Q3Q5W2 |SHEWANELLA BALTICA |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |OS155 |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |ALTEROMONADALES SHEWANELLACEAE|
| | | | |SHEWANELLA |
|8 |Q3YXE4_SHISS |Q3YXE4 |SHIGELLA SONNEI |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |STRAIN SS046 |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE SHIGELLA |
|9 |Q4IWH0_AZOVI |Q4IWH0 |AZOTOBACTER |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |VINELANDII AVOP |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |PSEUDOMONADALES |
| | | | |PSEUDOMONADACEAE AZOTOBACTER |
|10|Q3KEZ6_PSEPF |Q3KEZ6 |PSEUDOMONAS |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |FLUORESCENS STRAIN |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | |PFO-1 |PSEUDOMONADALES |
| | | | |PSEUDOMONADACEAE PSEUDOMONAS |
|11|Q2M9N6_ECOLI |Q2M9N6 |ESCHERICHIA COLI |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |W3110 |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA|
|12|Q57K10_SALCH |Q57K10 |SALMONELLA |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |CHOLERAESUIS |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE SALMONELLA |
|13|Q5NHJ0_FRATT |Q5NHJ0 |FRANCISELLA |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |TULARENSIS SUBSP |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | |TULARENSIS |THIOTRICHALES FRANCISELLACEAE |
| | | | |FRANCISELLA |
|14|Q66CJ2_YERPS |Q66CJ2 |YERSINIA |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |PSEUDOTUBERCULOSIS |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE YERSINIA |
|15|Q6CZM5_ERWCT |Q6CZM5 |ERWINIA CAROTOVORA |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |SUBSP ATROSEPTICA |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | |PECTOBACTERIUM |ENTEROBACTERIALES |
| | | |ATROSEPTICUM |ENTEROBACTERIACEAE |
| | | | |PECTOBACTERIUM |
|16|Q6LI34_PHOPR |Q6LI34 |PHOTOBACTERIUM |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |PROFUNDUM |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | |PHOTOBACTERIUM SP |VIBRIONALES VIBRIONACEAE |
| | | |STRAIN SS9 |PHOTOBACTERIUM |
|17|Q7CPT7_SALTY |Q7CPT7 |SALMONELLA |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |TYPHIMURIUM |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE SALMONELLA |
|18|Q7N6D9_PHOLL |Q7N6D9 |PHOTORHABDUS |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |LUMINESCENS SUBSP |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | |LAUMONDII |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE |
| | | | |PHOTORHABDUS |
|19|Q7VNV6_HAEDU |Q7VNV6 |HAEMOPHILUS DUCREYI|BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | | |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |PASTEURELLALES PASTEURELLACEAE|
| | | | |HAEMOPHILUS |
|20|Q83Q85_SHIFL |Q83Q85 |SHIGELLA FLEXNERI |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | |Q7C019 | |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE SHIGELLA |
|21|Q87J79_VIBPA |Q87J79 |VIBRIO |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | |PARAHAEMOLYTICUS |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |VIBRIONALES VIBRIONACEAE |
| | | | |VIBRIO |
|22|Q8XCU2_ECO57 |Q8XCU2 |ESCHERICHIA COLI |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | |Q7AAW7 |O157:H7 |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA|
|23|Q8ZGB7_YERPE |Q8ZGB7 |YERSINIA PESTIS |BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | |Q74VS9 | |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | |Q7CHJ3 | |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE YERSINIA |
|24|Q8CVR4_ECOL6 |Q8CVR4 |ESCHERICHIA COLI O6|BACTERIA PROTEOBACTERIA |
| | | | |GAMMAPROTEOBACTERIA |
| | | | |ENTEROBACTERIALES |
| | | | |ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA|
| | | | | |