Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART.

1. Построение эталонного выравнивания.

   В БД SMART получено изображение доменной структуры белка ASPG2_ECOLI. Для этого сначала по ID (ASPG2_ECOLI) получено схематичное изображение доменной структуры указанного белка. Домен единственный; это домен Asparaginase (принадлежит банку Pfam).
   Длина домена составляет 310 а.о. (и хотя в задании просят выбрать домен длиной не менее 50 и не более 200 остатков, такой вариант единственный :-))

   Далее: получение эталонного выравнивание доменов, гомологичных домену Asparaginase белка ASPG2_ECOLI (следуя подсказкам к заданию). Результат сохранен в файле asparaginase.msf.

   Выбор фрагмента эталонного выравнивания для дальнейшего детального исследования основан на предъявляемых требованиях (п.2 занятия 10). Данный фрагмент составляют следующие последовательности: ASPG_MYCLE; ASPG2_YEAST; ASPG1_BACSU; ASPG4_SCHPO; GATD_METKA.

   Вот что получилось (файл benchmark.msf):

   *

   2

   0

   *

   4

   0

   *

   6

   0

   *

   A

   S

   P

   G

   _

   M

   Y

   C

   L

   E

   :

   G

   V

   V

   V

   T

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   E

   E

   T

   A

   L

   W

   L

   D

   L

   T

   Y

   A

   G

   -

   N

   V

   P

   V

   V

   L

   T

   G

   A

   M

   R

   S

   A

   D

   A

   P

   N

   A

   D

   G

   P

   T

   N

   L

   R

   E

   A

   L

   A

   V

   A

   A

   S

   P

   A

   A

   R

   G

   V

   G

   V

   L

   V

   S

   F

   :

   6

   9

   A

   S

   P

   G

   2

   _

   Y

   E

   A

   S

   :

   G

   A

   V

   V

   T

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   E

   E

   T

   A

   F

   F

   L

   D

   L

   T

   I

   N

   S

   -

   E

   K

   P

   V

   C

   I

   A

   G

   A

   M

   R

   P

   A

   T

   A

   T

   S

   A

   D

   G

   P

   M

   N

   L

   Y

   Q

   A

   V

   S

   I

   A

   A

   S

   E

   K

   S

   L

   G

   R

   G

   T

   M

   I

   T

   L

   :

   6

   9

   A

   S

   P

   G

   1

   _

   B

   A

   C

   S

   :

   G

   F

   V

   I

   T

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   A

   Y

   T

   S

   A

   A

   L

   S

   Y

   M

   L

   Q

   H

   A

   K

   K

   P

   I

   V

   I

   T

   G

   S

   Q

   I

   P

   I

   T

   F

   Q

   K

   T

   D

   A

   K

   K

   N

   I

   T

   D

   A

   I

   R

   F

   A

   C

   E

   G

   -

   -

   -

   V

   G

   G

   V

   Y

   V

   V

   F

   :

   6

   7

   A

   S

   P

   G

   4

   _

   S

   C

   H

   P

   :

   G

   I

   V

   I

   T

   H

   G

   T

   D

   S

   L

   E

   E

   T

   A

   M

   F

   L

   D

   L

   T

   I

   S

   T

   -

   A

   K

   P

   I

   V

   V

   V

   G

   A

   M

   R

   P

   S

   T

   A

   I

   G

   A

   D

   G

   P

   M

   N

   L

   L

   N

   A

   V

   A

   V

   A

   S

   S

   N

   Q

   S

   M

   G

   R

   G

   T

   L

   V

   L

   L

   :

   6

   9

   G

   A

   T

   D

   _

   M

   E

   T

   K

   A

   :

   G

   V

   V

   I

   G

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   A

   F

   T

   A

   A

   A

   L

   S

   F

   V

   I

   E

   G

   L

   N

   G

   P

   V

   V

   L

   V

   G

   A

   Q

   R

   S

   S

   D

   R

   P

   S

   S

   D

   A

   A

   S

   N

   L

   I

   A

   A

   C

   A

   F

   A

   G

   D

   G

   E

   -

   -

   V

   G

   E

   V

   T

   V

   C

   M

   :

   6

   8

   G

   V

   6

   t

   H

   G

   T

   D

   3

   6

   T

   a

   L

   P

   6

   v

   6

   G

   a

   r

   D

   N

   6

   A

   A

   g

   6

    

2. Построение множественного выравнивания последовательностей программой ClustalW.

   Сначала по идентификаторам UniProt из benchmark.msf были получены с помощью SRS полные последовательности рассматриваемых структур (сохранены в файле full_seq.fasta).

   Следующий шаг: построение программой ClustalW множественного выравнивания последовательностей из full_seq.fasta при помощи программы emma пакета EMBOSS (одна из реализаций ClustalW).

   Полученное выравнивание импортировано в GeneDoc и сохранено в виде файла clustalw.msf.

3. Сравнение полученных выравниваний.

   Устанавливаю соответствие между выравниваниями, сначала отмечаю цветом (цвет один, в данном случае, т.к. последовательности выравнялись очень даже неплохо) в каждой последовательности из clustalw.msf участок, попавший в benchmark.msf. Вот результат:

   *

   1

   8

   0

   *

   2

   0

   0

   *

   2

   2

   0

   *

   2

   4

   0

   A

   S

   P

   G

   _

   M

   Y

   C

   L

   E

   :

   D

   R

   I

   R

   A

   A

   V

   H

   T

   A

   T

   R

   N

   -

   G

   A

   R

   G

   V

   V

   V

   T

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   E

   E

   T

   A

   L

   W

   L

   D

   L

   T

   Y

   A

   G

   N

   V

   -

   P

   V

   V

   L

   T

   G

   A

   M

   R

   S

   A

   D

   A

   P

   N

   A

   D

   G

   P

   T

   N

   L

   R

   E

   A

   L

   A

   V

   A

   A

   S

   P

   A

   A

   R

   G

   V

   :

   1

   3

   7

   A

   S

   P

   G

   2

   _

   Y

   E

   A

   S

   :

   I

   P

   L

   Y

   H

   G

   I

   S

   E

   A

   L

   A

   S

   D

   D

   Y

   A

   G

   A

   V

   V

   T

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   E

   E

   T

   A

   F

   F

   L

   D

   L

   T

   I

   N

   S

   E

   K

   -

   P

   V

   C

   I

   A

   G

   A

   M

   R

   P

   A

   T

   A

   T

   S

   A

   D

   G

   P

   M

   N

   L

   Y

   Q

   A

   V

   S

   I

   A

   A

   S

   E

   K

   S

   L

   G

   R

   :

   1

   7

   7

   A

   S

   P

   G

   1

   _

   B

   A

   C

   S

   :

   V

   E

   I

   A

   E

   A

   V

   K

   E

   N

   Y

   D

   -

   -

   A

   Y

   D

   G

   F

   V

   I

   T

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   A

   Y

   T

   S

   A

   A

   L

   S

   Y

   M

   L

   Q

   H

   A

   K

   K

   P

   I

   V

   I

   T

   G

   S

   Q

   I

   P

   I

   T

   F

   Q

   K

   T

   D

   A

   K

   K

   N

   I

   T

   D

   A

   I

   R

   F

   A

   C

   E

   G

   -

   V

   G

   G

   V

   :

   1

   4

   0

   A

   S

   P

   G

   4

   _

   S

   C

   H

   P

   :

   L

   K

   L

   A

   K

   L

   I

   L

   A

   E

   V

   A

   K

   P

   N

   V

   H

   G

   I

   V

   I

   T

   H

   G

   T

   D

   S

   L

   E

   E

   T

   A

   M

   F

   L

   D

   L

   T

   I

   S

   T

   A

   K

   -

   P

   I

   V

   V

   V

   G

   A

   M

   R

   P

   S

   T

   A

   I

   G

   A

   D

   G

   P

   M

   N

   L

   L

   N

   A

   V

   A

   V

   A

   S

   S

   N

   Q

   S

   M

   G

   R

   :

   1

   8

   1

   G

   A

   T

   D

   _

   M

   E

   T

   K

   A

   :

   M

   K

   I

   A

   E

   E

   V

   V

   D

   A

   L

   S

   D

   P

   D

   V

   E

   G

   V

   V

   I

   G

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   A

   F

   T

   A

   A

   A

   L

   S

   F

   V

   I

   E

   G

   L

   N

   G

   P

   V

   V

   L

   V

   G

   A

   Q

   R

   S

   S

   D

   R

   P

   S

   S

   D

   A

   A

   S

   N

   L

   I

   A

   A

   C

   A

   F

   A

   G

   D

   G

   E

   V

   G

   E

   V

   :

   2

   4

   1

   6

   6

   G

   V

   6

   t

   H

   G

   T

   D

   3

   6

   T

   a

   L

   P

   6

   v

   6

   G

   a

   r

   D

   N

   6

   A

   A

   g

   *

   2

   6

   0

   *

   2

   8

   0

   *

   3

   0

   0

   *

   3

   2

   0

   A

   S

   P

   G

   _

   M

   Y

   C

   L

   E

   :

   G

   V

   L

   V

   S

   F

   A

   G

   -

   -

   -

   -

   -

   R

   V

   L

   Q

   P

   L

   G

   L

   R

   K

   A

   A

   T

   Q

   D

   L

   S

   G

   F

   A

   G

   E

   L

   L

   G

   T

   S

   S

   S

   G

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   F

   A

   L

   T

   A

   A

   K

   T

   R

   P

   Y

   L

   G

   D

   L

   C

   A

   A

   D

   A

   P

   R

   V

   D

   I

   V

   :

   2

   0

   1

   A

   S

   P

   G

   2

   _

   Y

   E

   A

   S

   :

   G

   T

   M

   I

   T

   L

   N

   -

   -

   -

   -

   -

   D

   R

   I

   A

   S

   G

   F

   W

   T

   T

   K

   M

   N

   A

   N

   S

   L

   D

   T

   F

   R

   A

   D

   E

   Q

   G

   Y

   L

   G

   Y

   F

   S

   N

   D

   D

   V

   E

   F

   Y

   Y

   P

   P

   V

   K

   P

   N

   G

   W

   Q

   F

   F

   D

   I

   S

   N

   L

   T

   D

   P

   S

   E

   I

   P

   E

   V

   I

   I

   L

   Y

   :

   2

   5

   3

   A

   S

   P

   G

   1

   _

   B

   A

   C

   S

   :

   Y

   V

   V

   F

   D

   G

   R

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   V

   I

   Q

   G

   T

   R

   A

   I

   K

   L

   R

   T

   K

   S

   Y

   D

   A

   F

   E

   S

   I

   N

   Y

   P

   Y

   I

   A

   F

   I

   N

   E

   D

   G

   I

   E

   Y

   N

   -

   -

   -

   -

   -

   -

   K

   Q

   V

   T

   E

   P

   E

   N

   D

   T

   F

   T

   V

   D

   T

   S

   L

   C

   T

   D

   V

   C

   L

   L

   :

   2

   0

   8

   A

   S

   P

   G

   4

   _

   S

   C

   H

   P

   :

   G

   T

   L

   V

   L

   L

   N

   -

   -

   -

   -

   -

   D

   R

   I

   G

   S

   A

   F

   Y

   T

   T

   K

   T

   N

   G

   N

   T

   L

   D

   T

   F

   K

   S

   Y

   E

   A

   G

   S

   L

   G

   I

   V

   L

   N

   Q

   K

   P

   F

   Y

   F

   F

   S

   P

   A

   V

   P

   T

   G

   K

   V

   F

   F

   D

   I

   Y

   N

   I

   K

   -

   -

   -

   Q

   L

   P

   R

   V

   D

   I

   L

   Y

   :

   2

   5

   4

   G

   A

   T

   D

   _

   M

   E

   T

   K

   A

   :

   T

   V

   C

   M

   H

   G

   W

   T

   S

   D

   E

   V

   C

   L

   V

   H

   R

   G

   V

   R

   V

   R

   K

   M

   H

   T

   S

   R

   R

   D

   A

   F

   R

   S

   V

   E

   S

   I

   P

   I

   A

   K

   V

   D

   V

   K

   D

   L

   R

   N

   P

   K

   I

   E

   F

   L

   R

   S

   D

   Y

   R

   R

   P

   E

   D

   G

   E

   P

   E

   I

   S

   G

   G

   F

   E

   E

   K

   V

   A

   L

   V

   :

   3

   2

   2

   6

   K

   d

   F

   6

    

   Ниже приведены соответствующие фрагменты выравниваний с окраской по 4м уровням (верхний фрагмент - эталонное, нижний - полученное с помощью программы ClustalW). Мерой сходства обговорено считать число совпадающих колонок, деленное на общее количество колонок в benchmark.msf. Сопоставим их (замечание: и в случае "эталонного", и в случае выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, при обработке в GeneDoc "раскраска" велась при включенном чек-боксе Similarity Groups Enabled; по 4м уровням):

   *

   2

   0

   *

   4

   0

   *

   6

   0

   *

   A

   S

   P

   G

   _

   M

   Y

   C

   L

   E

   :

   G

   V

   V

   V

   T

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   E

   E

   T

   A

   L

   W

   L

   D

   L

   T

   Y

   A

   G

   -

   N

   V

   P

   V

   V

   L

   T

   G

   A

   M

   R

   S

   A

   D

   A

   P

   N

   A

   D

   G

   P

   T

   N

   L

   R

   E

   A

   L

   A

   V

   A

   A

   S

   P

   A

   A

   R

   G

   V

   G

   V

   L

   V

   S

   F

   :

   6

   9

   A

   S

   P

   G

   2

   _

   Y

   E

   A

   S

   :

   G

   A

   V

   V

   T

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   E

   E

   T

   A

   F

   F

   L

   D

   L

   T

   I

   N

   S

   -

   E

   K

   P

   V

   C

   I

   A

   G

   A

   M

   R

   P

   A

   T

   A

   T

   S

   A

   D

   G

   P

   M

   N

   L

   Y

   Q

   A

   V

   S

   I

   A

   A

   S

   E

   K

   S

   L

   G

   R

   G

   T

   M

   I

   T

   L

   :

   6

   9

   A

   S

   P

   G

   1

   _

   B

   A

   C

   S

   :

   G

   F

   V

   I

   T

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   A

   Y

   T

   S

   A

   A

   L

   S

   Y

   M

   L

   Q

   H

   A

   K

   K

   P

   I

   V

   I

   T

   G

   S

   Q

   I

   P

   I

   T

   F

   Q

   K

   T

   D

   A

   K

   K

   N

   I

   T

   D

   A

   I

   R

   F

   A

   C

   E

   G

   -

   -

   -

   V

   G

   G

   V

   Y

   V

   V

   F

   :

   6

   7

   A

   S

   P

   G

   4

   _

   S

   C

   H

   P

   :

   G

   I

   V

   I

   T

   H

   G

   T

   D

   S

   L

   E

   E

   T

   A

   M

   F

   L

   D

   L

   T

   I

   S

   T

   -

   A

   K

   P

   I

   V

   V

   V

   G

   A

   M

   R

   P

   S

   T

   A

   I

   G

   A

   D

   G

   P

   M

   N

   L

   L

   N

   A

   V

   A

   V

   A

   S

   S

   N

   Q

   S

   M

   G

   R

   G

   T

   L

   V

   L

   L

   :

   6

   9

   G

   A

   T

   D

   _

   M

   E

   T

   K

   A

   :

   G

   V

   V

   I

   G

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   A

   F

   T

   A

   A

   A

   L

   S

   F

   V

   I

   E

   G

   L

   N

   G

   P

   V

   V

   L

   V

   G

   A

   Q

   R

   S

   S

   D

   R

   P

   S

   S

   D

   A

   A

   S

   N

   L

   I

   A

   A

   C

   A

   F

   A

   G

   D

   G

   E

   -

   -

   V

   G

   E

   V

   T

   V

   C

   M

   :

   6

   8

   G

   V

   6

   t

   H

   G

   T

   D

   3

   6

   T

   a

   L

   P

   6

   v

   6

   G

   a

   r

   D

   N

   6

   A

   A

   g

   6

   *

   2

   0

   *

   4

   0

   *

   6

   0

   *

   A

   S

   P

   G

   _

   M

   Y

   C

   L

   E

   :

   G

   V

   V

   V

   T

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   E

   E

   T

   A

   L

   W

   L

   D

   L

   T

   Y

   A

   G

   N

   V

   -

   P

   V

   V

   L

   T

   G

   A

   M

   R

   S

   A

   D

   A

   P

   N

   A

   D

   G

   P

   T

   N

   L

   R

   E

   A

   L

   A

   V

   A

   A

   S

   P

   A

   A

   R

   G

   V

   G

   V

   L

   V

   S

   F

   :

   6

   9

   A

   S

   P

   G

   2

   _

   Y

   E

   A

   S

   :

   G

   A

   V

   V

   T

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   E

   E

   T

   A

   F

   F

   L

   D

   L

   T

   I

   N

   S

   E

   K

   -

   P

   V

   C

   I

   A

   G

   A

   M

   R

   P

   A

   T

   A

   T

   S

   A

   D

   G

   P

   M

   N

   L

   Y

   Q

   A

   V

   S

   I

   A

   A

   S

   E

   K

   S

   L

   G

   R

   G

   T

   M

   I

   T

   L

   :

   6

   9

   A

   S

   P

   G

   1

   _

   B

   A

   C

   S

   :

   G

   F

   V

   I

   T

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   A

   Y

   T

   S

   A

   A

   L

   S

   Y

   M

   L

   Q

   H

   A

   K

   K

   P

   I

   V

   I

   T

   G

   S

   Q

   I

   P

   I

   T

   F

   Q

   K

   T

   D

   A

   K

   K

   N

   I

   T

   D

   A

   I

   R

   F

   A

   C

   E

   G

   -

   V

   G

   G

   V

   Y

   V

   V

   F

   D

   G

   :

   6

   9

   A

   S

   P

   G

   4

   _

   S

   C

   H

   P

   :

   G

   I

   V

   I

   T

   H

   G

   T

   D

   S

   L

   E

   E

   T

   A

   M

   F

   L

   D

   L

   T

   I

   S

   T

   A

   K

   -

   P

   I

   V

   V

   V

   G

   A

   M

   R

   P

   S

   T

   A

   I

   G

   A

   D

   G

   P

   M

   N

   L

   L

   N

   A

   V

   A

   V

   A

   S

   S

   N

   Q

   S

   M

   G

   R

   G

   T

   L

   V

   L

   L

   :

   6

   9

   G

   A

   T

   D

   _

   M

   E

   T

   K

   A

   :

   G

   V

   V

   I

   G

   H

   G

   T

   D

   T

   M

   A

   F

   T

   A

   A

   A

   L

   S

   F

   V

   I

   E

   G

   L

   N

   G

   P

   V

   V

   L

   V

   G

   A

   Q

   R

   S

   S

   D

   R

   P

   S

   S

   D

   A

   A

   S

   N

   L

   I

   A

   A

   C

   A

   F

   A

   G

   D

   G

   E

   V

   G

   E

   V

   T

   V

   C

   M

   H

   G

   :

   7

   0

   G

   V

   6

   t

   H

   G

   T

   D

   3

   6

   T

   a

   L

   P

   6

   v

   6

   G

   a

   r

   D

   N

   6

   A

   A

   g

   
   

   Тогда:

   • число колонок эталонного выравнивания (во фрагменте из SMART) составляет 70;
   • число колонок, совпавших с колонками в файле clustalw.msf - 57. Приведенный ниже фрагмент выравнивания clustalw.msf окрашен вручную (окраска означает совпадение данной колонки с колонкой эталонного выравнивания):

     *

     2

     0

     *

     4

     0

     *

     6

     0

     *

     A

     S

     P

     G

     _

     M

     Y

     C

     L

     E

     :

     G

     V

     V

     V

     T

     H

     G

     T

     D

     T

     M

     E

     E

     T

     A

     L

     W

     L

     D

     L

     T

     Y

     A

     G

     N

     V

     -

     P

     V

     V

     L

     T

     G

     A

     M

     R

     S

     A

     D

     A

     P

     N

     A

     D

     G

     P

     T

     N

     L

     R

     E

     A

     L

     A

     V

     A

     A

     S

     P

     A

     A

     R

     G

     V

     G

     V

     L

     V

     S

     F

     :

     6

     9

     A

     S

     P

     G

     2

     _

     Y

     E

     A

     S

     :

     G

     A

     V

     V

     T

     H

     G

     T

     D

     T

     M

     E

     E

     T

     A

     F

     F

     L

     D

     L

     T

     I

     N

     S

     E

     K

     -

     P

     V

     C

     I

     A

     G

     A

     M

     R

     P

     A

     T

     A

     T

     S

     A

     D

     G

     P

     M

     N

     L

     Y

     Q

     A

     V

     S

     I

     A

     A

     S

     E

     K

     S

     L

     G

     R

     G

     T

     M

     I

     T

     L

     :

     6

     9

     A

     S

     P

     G

     1

     _

     B

     A

     C

     S

     :

     G

     F

     V

     I

     T

     H

     G

     T

     D

     T

     M

     A

     Y

     T

     S

     A

     A

     L

     S

     Y

     M

     L

     Q

     H

     A

     K

     K

     P

     I

     V

     I

     T

     G

     S

     Q

     I

     P

     I

     T

     F

     Q

     K

     T

     D

     A

     K

     K

     N

     I

     T

     D

     A

     I

     R

     F

     A

     C

     E

     G

     -

     V

     G

     G

     V

     Y

     V

     V

     F

     D

     G

     :

     6

     9

     A

     S

     P

     G

     4

     _

     S

     C

     H

     P

     :

     G

     I

     V

     I

     T

     H

     G

     T

     D

     S

     L

     E

     E

     T

     A

     M

     F

     L

     D

     L

     T

     I

     S

     T

     A

     K

     -

     P

     I

     V

     V

     V

     G

     A

     M

     R

     P

     S

     T

     A

     I

     G

     A

     D

     G

     P

     M

     N

     L

     L

     N

     A

     V

     A

     V

     A

     S

     S

     N

     Q

     S

     M

     G

     R

     G

     T

     L

     V

     L

     L

     :

     6

     9

     G

     A

     T

     D

     _

     M

     E

     T

     K

     A

     :

     G

     V

     V

     I

     G

     H

     G

     T

     D

     T

     M

     A

     F

     T

     A

     A

     A

     L

     S

     F

     V

     I

     E

     G

     L

     N

     G

     P

     V

     V

     L

     V

     G

     A

     Q

     R

     S

     S

     D

     R

     P

     S

     S

     D

     A

     A

     S

     N

     L

     I

     A

     A

     C

     A

     F

     A

     G

     D

     G

     E

     V

     G

     E

     V

     T

     V

     C

     M

     H

     G

     :

     7

     0

     G

     V

     6

     t

     H

     G

     T

     D

     3

     6

     T

     a

     L

     P

     6

     v

     6

     G

     a

     r

     D

     N

     6

     A

     A

     g

      

   • Мерой сходства будем считать число совпадающих колонок, деленное на общее количество колонок во фрагменте из SMART; что составляет 57*100%/70 = 81,4% - что ж, весьма и весьма неплохой результат. На примере данного выравнивания можно говорить о хорошей работе программы ClustalW.
     НО: важно понять, от чего зависит % ( и ВООБЩЕ, является ли это критерием "хорошо/плохо" работы программы)...
   • Как улучшить [ухудшить] данный результат: делая выборку из предложенного в БД Pfam, я находила кандидатов, по сути, "от балды" и мало задумывалась о гомологии. Сначала мало задумывалась...
     Мера сходства могла быть еще выше [или существенно ниже], если бы в качестве, например, 5ой последовательности вместо GATD_METKA был взята последовательность более близкого гомолога [или с существенно меньшей степенью родства].
   • Мера сходства двух выравниваний оказывается высокой, т.к. выравнивались однодоменные белки.
   • "Отвлеченные наблюдения": 100%-ая мера сходства наблюдается для выравнивания последовательностей ASPG_MYCLE и ASPG2_YEAST (цветом это не показано, иначе получается "нагромождение"). Своего рода, точка отсчета получается ;-). А что происходит с другими последовательностями при выравнивании программой ClustalW? В выравнивании программой ClustalW "оказывается не у дел" (в окружении гэпов...В то время как первый лизин (поз.26) - в окружении 2х лизинов) второй лизин ASPG1_BACSU (позиция 27 данного выравнивания). В "эталонном " выравнивании этого не происходит: в "счастливом соседстве" с лизинами последовательностей ASPG2_YEAST и ASPG4_SCHPO находится именно "второй" лизин (позиция 27 данного выравнивания). Т.к. "эталонное" выравнивание - результат работы экспертов, то, наверно, он оказывается ближе к выравниванию истинному (т.е. непросто совпадение символов). Аналогичная ситуация (в этих же последовательностях) наблюдается с глицинами (позиции 63-64). Такова возможная "трактовка" несовпадений. И это - очевидно - "вытекает" из особенности алгоритма ClustalW.

    

4. Получение матрицы попарного совпадения последовательностей.

   Добившись нужной конфигурации выдачи в GeneDoc, получаю 2 матрицы попарного совпадения последовательностей:

   • для фрагмента "эталонного" выравнивания из SMART:

     ASPG_MYCLE ASPG2_YEAST ASPG1_BACSU ASPG4_SCHPO GATD_METKA ASPG_MYCLE 100% ASPG2_YEAST 55% 100% ASPG1_BACSU 32% 31% 100% ASPG4_SCHPO 53% 62% 32% 100% GATD_METKA 45% 32% 44% 35% 100%

      

   • для фрагмента выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW:

     ASPG_MYCLE ASPG2_YEAST ASPG1_BACSU ASPG4_SCHPO GATD_METKA ASPG_MYCLE 100% ASPG2_YEAST 55% 100% ASPG1_BACSU 31% 31% 100% ASPG4_SCHPO 53% 62% 32% 100% GATD_METKA 44% 32% 44% 34% 100%

       Наблюдения: данные матрицы отражают степень сходства последовательностей (количество одинаковых позиций для пар последовательностей).
     В случае "эталонного" выравнивания (принимаем, что это истинное выравнивание, т.е. биологически осмысленное) значения для пар ASPG_MYCLE - ASPG1_BACSU , ASPG_MYCLE - GATD_METKA, ASPG1_BACSU - GATD_METKA получились на 1% больше, чем в выравнивании ClustalW (при прочих равных); подтверждает ранееприведенную мысль (см. про пример лизина, глицина в последовательности ASPG1_BACSU) .