Задание1.

Доменная структура белка YFIT_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
?	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка YFIT_BACSU	Клан
1.	PF12867	DinB_2	Неописанное семейство потенциальных ферментов.	30–168	Клан DinB (CL0310), содержит 8 семейств и 4898 доменов. Это ферменты, координирующие ион металла с помощью консервативной триады гистидинов.

Задание2.

• В 20 разных архитектур входит домен.
• Для 2153 белков, содержащих этот домен, известна последовательность.
• Для 7 разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура.
• Выравнивание seed.
• Достоверность представленного выравнивания и гомологичность доменов вызывает большие сомнения. Так, в соответствии с предложенными критериями гомологичности нет. Но с той или иной степенью приближения можно предположить, домены 442-450 гомологичны. Хотя я считаю, что данное выравнивание не демонстрирует гомологичности, а выделенные совпадения являются случайными.

  Задание3.

  
  Доменная архитектура белка B0XUL4_ASPFC гриба Aspergillus fumigatus

  Представленность доменов DinB_2 и FGE-sulfatase в организмах разных видов

  Таксон		Количество белков с доменом DinB_2	Количество белков с доменом FGE-sulfatase
  Эукариоты	Зеленые растения	2	4
  	Грибы	46	50
  	Животные	4	82
  	Остальные эукариоты	12	20
  Археи		5	18
  Бактерии		2078	2067
  Вирусы		0	3

  Судя по данным в таблице, могу утверждать, что домен FGE-sulfatase вообще более распространен среди данных таксонов, чем домен DinB_2, представленность которого в эукариотах заметно низка.

  Задание4.

  Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

  ?	PFAM ID	Bacillus subtilis
  1.	DinB_2	3

  1657 белков обладает той же доменной организацией, что и изучаемый белок (т.е. присутствует единственный домен DinB_2). Исходя из таблицы можно полагать, что частота доменов в белках изучаемой бактерии крайне низка.

  Задание5. Примеры разных доменных перестроек.

  Домен PF03781 (FGE-sulfatase) встречается в сочетании с разными доменами, причем часто вместе с DinB_2.
  B0XUL4_ASPFC :
  Q8E929_SHEON:
  

  Домен PF01590 (GAF) встречается в разном количестве. .
  B8G421_CHLAD :
  Q47MZ6_THEFY:
  

  Домен PF12867 (DinB_2) бывает как на N-, так и на С-конце последовательности.
  D4DLH1_TRIVC :
  Q8E929_SHEON:
  

  Задание6.

  InterPro. Разметка мотивов белка yfit_bacsu.

  
  
  
• Самый короткий мотив - MDMPI_N (Mycothiol maleylpyruvate isomerase N-terminal domain - принадлежит клану DinB). Описан в банке Pfam.
• Самый длинный мотив - YfiT_hydrol (интегрирован). Описан в банке HAMAP. Также SSF109854 из SuperFamily имеет такую же длину.
• Первая структурная подпись интегрирована в InterPro.
• Границы домена DinB_2 в Pfam: 30-168, когда же тот же домен в InterPro ограничен 33-134 аа.

  ---

  ©Vakil Takhaveev