Состав записи 1J2R банка PDB

Запись содержит поля HEADER и TITLE:

Это белок с неизвестной функцией, продукт гена Yecd бактерии E.coli. Разрешение структуры 1.3 Å.

Поле COMPND содержит информацию о структуре белка, представленной в данной записи.
В данном случае белок состоит из четырех цепей (A, B, C, D), он мутированный. Авторы структуры предполагают, что он относится к семейству изохоризмотаз, которые катализируют реакцию гидролизирования изохоризмата. В описании гена yecd E.coli в fasta формате тоже предполагается гидролазная активность продукта гена (см. "Описание гена yecd и его продукта").

Поле SEQRES содержит последовательность белка.
Эта последовательность отличается от представленной в описании гена yecd E.coli в fasta формате. Данная структура состоит из четырех одинаковых по первичной структуре цепей. Каждая цепь представляет собой модифицированный продукт гена yecd E.coli (11 дополнительных остатков в начале цепи, не закодированных в гене).

Поля HET, HETNAM и FORMUL содержат информацию о лигандах и других низкомолекулярных соединениях.
В записи присутствуют 12 молекул MPD (2-метил-2,4-пентандиол) и 924 молекулы воды.

Структура была визуализирована с помощью программы RasMol версии 2.7.4.2

Представление цепи B белка в остовной модели

Это белок можно отнести к типу "альфа + бета". В полной структуре по данным RasMol количество α-спиралей равно 40, β-тяжей равно 32. На изображении для цепи B α-спирали - красные, а β-тяжи - синие.

2008 ^©