Семестр 6. Молекулярное моделирование биополимеров.

· Занятие 1. Введение в PyMOL.
· Занятие 2. Cеми-эмпирические вычисления: Mopac.
· Занятие 3. Abinitio вычисления для нафталина и азулена.
· Занятие 4. Вычисление параметров для молекулярной механики.
· Занятие 5. Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики.
· Занятие 6. Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS.
· Занятие 7-8. Молекулярная динамика биологических молекул и ее анализ в GROMACS.
· Занятие 9. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом.
· Занятие 10. Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка.