Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~irbis/term2/task10.html
Дата изменения: Tue Feb 15 11:44:20 2011
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:39:28 2012
Кодировка: Windows-1251
Паттерны и профили

Главная cтраничка сайта

Первый семестр

Второй семестр

Паттерны и профили

1. Создание паттернов аминокислотных последовательностей

Картинка с изображением выбранного фрагмента выравнивания: GENEDOC

Таблица. Создание патернов для аминокислотных последовательностей

Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности G-T-T-D-G-K-G-H-I 1(0) Только мой белок YESX_BACSU найден в UniProtKB/Swiss-Prot, а в UniProtKB/TrEMBL не найдено ни одной последовательности.
Сильный G-T-[TIVR]-[DS]-[GA]-[KTQA]-G-[HRNKQ]-[IVL] 130 Не все последовательности, а точнее только две последовательность найдены из моего выравнивания. Найденные последовательности являются моим белком и белком из cellulose-binding protein [Micromonospora sp. ATCC 39149](4 строчка сверху в выравнивании в GENEDOC в UniProtKB/TrEMBL, в UniProtKB/Swiss-Prot не найдено ни одной последовательности из выравнивания.
Слабый G-T-X-[DS]-[GA]-[KTQA]-G-X-[IMVL] 1000 5 последовательностей найдены из моего выравнивания.
Мой белок YESX_BACSU
FG-GAP repeat domain protein. Arthrobacter aurescens (strain TC1) - 3 последовательность в выравнивании;
Cellulose-binding protein. Micromonospora sp. ATCC 39149 - 4 последовательность;
Putative uncharacterized protein. Jonesia denitrificans (strain ATCC 14870 / DSM 20603 / CIP 55134) (Listeria denitrificans) - 5 последовательность;
Putative secreted glycosyl hydrolase. Streptomyces coelicolor - 6 последовательность.

 

2. Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке YESX_BACSU

Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00008 MYRISTYL N-myristoylation site паттерн G-[VTALMC]-x(2)-[STGN]-{P} неспецифична 12
PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Protein kinase C phosphorylation site паттерн [ST]-x(1)-[RK] неспецифична 7
PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Casein kinase II phosphorylation site паттерн [TS]-x(2)-[ED] неспецифична 8
PS00009 AMIDATION Amidation site паттерн x(1)-G-K-R неспецифична 1
PS00004 CAMP_PHOSPHO_SITE cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site паттерн K-R-x(1)-T неспецифична 1
PS00001 ASN_GLYCOSYLATION N-glycosylation site паттерн N-[GH]-[TS]-[ALK] неспецифична 3

* Поиск проводился по базе данных UniProtKB/TrEMBL.

Ссылка на Google

Kodomo

© Сергеева Ирина 2009-2011