Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~iren/practice3.html
Дата изменения: Mon Sep 17 20:35:28 2012 Дата индексирования: Tue Oct 2 00:32:55 2012 Кодировка: Windows-1251 |
1. С помощью программы retree получил укорененное дерево, в котором укоренение произошло в ветку {STAA1, STAES} против {LISMO, LACDA, LACLM, STRP1, STRPN}. Такое укоренение не совпадает с настоящим, т.к. в настоящем древе укоренение происходит в ветвь {LISMO, STAA1, STAES} против {LACDA, LACLM, STRP1, STRPN}.
Нельзя укоренить в среднюю точку деревья, построенные методом максимальной экономии, потому что для этого необходимы расстояния, которые не рассчитываются в методе максимальной экономии, т.к. в нем не используется гипотеза молекулярных часов. Также, такой алгоритм нельзя использовать для деревьев построенных методом UPGMA, т.к. они уже укореннены. 2. Полученное с помощью использования внешней группы дерево не отличается от настоящего, но укоренение было совершено в ветвь {LACLM, STRP1, STRPN, LISMO, STAA1, STAES} против {LACDA}, а не в {LISMO, STAA1, STAES} против {LACDA, LACLM, STRP1, STRPN}, как в настоящем дереве.
Красным выделен корень (без учета внешней группы). 3. Консенсусное дерево, полученное по 100 бутстрэпам. +-------STAA1 +------------------100.0-| | +-------STAES | +-------| +-------STRP1 | | +--81.8-| | | +--88.5-| +-------STRPN | | | | | +--94.2-| +---------------LACLM | | | +-----------------------LACDA | +---------------------------------------LISMO Полученное дерево полностью совпадает с настоящим, если его правильно укоренить на ветке {LACDA, LACLM, STRP1, STRPN} против {LISMO, STAA1, STAES}. По полученному дереву видно, что наибольшие значенияполучили ветви, наиболее консервативные в других деревьях: {STAA1, STAES} против {LISMO, LACDA, LACLM, STRP1, STRPN} и {LACDA, LACLM, STRP1, STRPN} против {LISMO, STAA1, STAES}. Остальные ветки (без номеров на рисунке) встречались реже (не более 9 раз из 100 бутстрэпов, но были правильно изображены на дереве). ..**... 8.67 ...**.. 8.50 .***.** 5.83 .*.*... 5.50 .**.*.. 3.00 .*.**.. 2.50 .*..*.. 1.50 Вывод: Разные методы предсказания филогенетического дерева по моему белку давали разные результаты + плохо укоренялись, => белок не очень подходит для предсказания филогенетического дерева данных видов. Тем не менее, лучшим способом построения деревьев (по моиму белкку) можно считать построение дерева по результатам бутстэп-анализа.