Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~jjigor/t3_files/protocol.doc Дата изменения: Wed Dec 28 14:22:10 2005 Дата индексирования: Tue Oct 2 11:44:15 2012 Кодировка: koi8-r

Отчет за пр.11
1 задание
Скобочная формула:
(((А:48,В:48):7,(С:30,(D:15,Е:15):15):35):35,F:100);

Построенное дерево:

48
+----------A
7 |
+--1
X - длина ветви
| | 48
| +----------B
|
35 |
+-------2 30
| | +---------C
| | 35 | 15
----5 +-------4 +-----D
| | 15 |
| +---3
| | 15
| +-----E
| 100
+--------------------------F





















Ну или так:
[pic]

2 задание
Полученное дерево не является ультраметрическим, поскольку
расстояние от корня до любого листочка непостоянно. Например, расстояние до
листа F равно 100, а до листьев A и B 90.

3 задание
Описание ветвей:
|A |B |C |D |E |F |
|* |* |. |. |. |. |
|. |. |. |* |* |. |
|* |* |. |. |. |* |












4 задание
Бескорневое дерево:

[pic]

Кладограмма:


+--------------A
|
+--1

| |
| +--------------B
|
|
+-------2
| | +---------C
| х |
----5 +-------4 +-----D
| | |
| +---3
| |
| +-----E
|
+--------------------------F


5 задание
Построенное в 4 задании бескорневое «звездообразное» дерево так и
проситься укорениться на ветви {A,B,F} | {C,D,E}


Укорененная филограмма переукорененного дерева (модель В):



135
+---------------------------F
X | 48
+-------2 +----------A
| | 7 |
| +-1
| | 48
------5 +----------B
| 30
| +------C
| 35-X | 15
+------4 +---E
| 15 |
+---3
| 15
+---D
Очевидно, что длина ветви не может быть равной >100, однако, в данном
случае длина ветви {F} | {A,B,C,D,E} в любом случае будет равной 135 (за
исключением модели A).

Полученная модель дерева ультраметрической не является, поскольку
расстояние до корня не является одинаковым для всех листков.
Описание ветвей для модели B является точной копией описания ветвей
модели A.
|A |B |C |D |E |F |
|* |* |. |. |. |. |
|. |. |. |* |* |. |
|* |* |. |. |. |* |


Скобочная формула для модели B: (((A:48,B:48):7, F:135):X,
((D:15,E:15):15,C:30):X-35);









Задание 2.
Длина гена -1461 нуклеотидов.

701
+----------A
102 |
+--1
X - длина ветви
| | 701
| +----------B
|
511 |
+-------2 438
| | +---------C
| | 511 | 219
----5 +-------4 +-----D
| | 219|
| +---3
| | 219
| +-----E
| 1461
+--------------------------F

Скрипт для получения листьев этого дерева, если известен корень
(последовательность phoq_gene.fasta).

msbar phoq_gene.fasta mut_A.fasta -point 4 -count 1314 -auto
msbar phoq_gene.fasta mut_B.fasta -point 4 -count 1314 -auto
msbar phoq_gene.fasta mut_C.fasta -point 4 -count 1460 -auto
msbar phoq_gene.fasta mut_D.fasta -point 4 -count 1460 -auto
msbar phoq_gene.fasta mut_E.fasta -point 4 -count 1460 -auto
msbar phoq_gene.fasta mut_F.fasta -point 4 -count 1461 -auto

msbar - непосредственно сама программа.
phoq_gene - входящая последовательность.
mut_* - имена файлов, с измененными последовательностями (листочки)
-point X - параметр, характеризующий тип мутаций, которые будет
претерпевать
входящая последовательность (в нашем случае будут производится
только замены).
-count X - число мутаций, которые будут произведены во входящей
последовательности.
Как я понимаю, параметр -auto мы пишем, чтобы программа делала все «по
умолчанию».


-----------------------
A

B

F

C

D

E

48


48

7

135

35

30

15

15

15

A

B

C

D

E

F